应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 初学者求助-分子对接 问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
161/2返回列表12下一页
查看: 3655  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] 初学者求助-分子对接 问题

最近想学习DS中的Flexible Docking，可是定义蛋白时就出现问题了，请教各位大侠了!
      我从PDB数据库中下载下来蛋白的复合物，将其中的水分子和配体都删除了，也对其进行了加氢处理，在定义蛋白为受体的时候出现“The selected molecule contains alternate conformation. You should remove the alternate conformations before defining it as a receptor.”可是我不知道从哪可以删除构象啊。
     麻烦大家帮我看看啊，附件里是我DS中的蛋白。
初学者求助-分子对接 问题
12.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-10-25 16:01:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-10-29 14:29:48
这个好办，只要clean protein就行了，需要注意的是clean protein 的参数需要设置，在edit→preference→protein ultilities→clean protein 在里面把能够选的都勾上，其中有一项名字叫correct problems→alternate conformation，只要把它选上你这个问题就解决了
赞一下(1人) 回复此楼
宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
2楼2013-10-25 19:11:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-10-29 14:30:02
珍维永久: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2013-11-04 21:20:25
这个是截图，设置好之后再clean protein就行了
初学者求助-分子对接 问题-1
a3.png
赞一下(1人) 回复此楼
宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
3楼2013-10-25 20:16:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢应助。 2013-10-29 14:30:31
DS中文教程下载链接：
[资源] Discovery Studio同源模建、分子动力学、分子对接和药效团教程
http://bioms.org/thread-198-1-1.html
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2013-10-28 09:25:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-10-25 20:16:02
这个是截图，设置好之后再clean protein就行了

a3.png

O(∩_∩)O谢谢，能不能给我介绍一下做分子对接的一般步骤呢，最好能详细点，我自己找的资料感觉缺少好多步骤呢，谢谢了。
赞一下 回复此楼
4楼2013-10-25 20:47:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-10-29 14:30:13
对接=准备蛋白+准备配体+对接参数设置+运行就可以啦
详细的话就很麻烦啦而且感觉我没有资格写教程啦- -！~ 你可以在网上搜搜，如果哪里遇到问题的话可以讨论一下共同进步
赞一下 回复此楼
宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
5楼2013-10-27 12:32:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 药物设计 at 2013-10-28 09:25:34
DS中文教程下载链接：
Discovery Studio同源模建、分子动力学、分子对接和药效团教程
http://bioms.org/thread-198-1-1.html

O(∩_∩)O谢谢，以后还请多多指教
赞一下 回复此楼
7楼2013-10-28 13:56:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 药物设计 at 2013-10-28 09:25:34
DS中文教程下载链接：
Discovery Studio同源模建、分子动力学、分子对接和药效团教程
http://bioms.org/thread-198-1-1.html

你好，我在定义蛋白分子为受体时，有时会出现“The specified receptor has incomplete valence atoms that could affect the calculation.”的问题，我从Structure→Monitor→valence强调这些原子后怎么做呢？准备蛋白，是不是对其进行在edit→preference→protein ultilities在里面把能够选的都勾上然后clean protein ，再解决“The specified receptor has incomplete valence atoms that could affect the calculation.”这个问题，直接定义蛋白分子为受体就可以了？
赞一下 回复此楼
8楼2013-10-28 14:18:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-10-30 18:56:03
引用回帖:
8楼: Originally posted by 珍维永久 at 2013-10-28 14:18:23
你好，我在定义蛋白分子为受体时，有时会出现“The specified receptor has incomplete valence atoms that could affect the calculation.”的问题，我从Structure→Monitor→valence强调这些原子后怎么做呢？准备 ...

这个就是你的受体分子中有未完成的共价键，monitor的用意是告诉你那个缺键的原子在哪里，一般情况来讲可能是ligands未加氢，手动加上去就行了，一般不用管它也可以
赞一下 回复此楼
宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
9楼2013-10-29 15:26:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-10-29 15:26:51
这个就是你的受体分子中有未完成的共价键，monitor的用意是告诉你那个缺键的原子在哪里，一般情况来讲可能是ligands未加氢，手动加上去就行了，一般不用管它也可以...

不是ligands未加氢，如果我不处理这一步，我在定义蛋白的时候就会弹出该警示框，那我直接定义sphere不用管这个就可以是吗？
赞一下 回复此楼
10楼2013-10-31 14:48:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 珍维永久 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 325求调剂 +5 李嘉图·S·路 2026-03-23 5/250 2026-03-27 00:42 by wxiongid
[考研] 321求调剂 +6 Ymlll 2026-03-24 6/300 2026-03-26 20:50 by 不吃魚的貓
[考研] 327求调剂 +7 prayer13 2026-03-23 7/350 2026-03-26 20:48 by 不吃魚的貓
[考研] 085602 289分求调剂 +8 WWW西西弗斯 2026-03-24 8/400 2026-03-26 16:33 by 不吃魚的貓
[考研] 081700 调剂 267分 +11 迷人的哈哈 2026-03-23 11/550 2026-03-26 15:41 by zzll406
[考研] 0856求调剂 +8 zhn03 2026-03-25 9/450 2026-03-26 13:42 by zzll406
[考研] 263求调剂 +6 yqdszhdap－ 2026-03-22 10/500 2026-03-26 13:11 by 公瑾逍遥
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工 264分各科过A区国家线 +6 哈哈157349 2026-03-21 6/300 2026-03-26 10:39 by 醉在风里
[考研] 考研调剂 +6 来好运来来来 2026-03-21 7/350 2026-03-25 22:43 by 418490947
[考研] 334分 一志愿武理-080500 材料求调剂 +4 李李不服输 2026-03-25 4/200 2026-03-25 21:26 by 星空星月
[考研] 材料专硕 335 分求调剂 +4 拒绝冷暴力 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:45 by haxia
[考研] 生物技术与工程 +3 1294608413 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:02 by 1294608413
[考研] 0854AI CV方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-23 4/200 2026-03-25 17:04 by CoderLoser
[考研] 359求调剂 +3 王了个楠 2026-03-25 3/150 2026-03-25 12:50 by Dyhoer
[考研] 考研化学308分求调剂 +10 你好明天你好 2026-03-23 11/550 2026-03-25 10:23 by userper
[考研] 085404电子信息284分求调剂 +4 13659058978 2026-03-24 4/200 2026-03-24 12:15 by syl20081243
[考博] 26申博自荐 +3 whh869393 2026-03-24 3/150 2026-03-24 09:55 by 21018060
[考研] 求调剂 +7 十三加油 2026-03-21 7/350 2026-03-23 23:48 by 热情沙漠
[考研] 336求调剂 +4 收到VS 2026-03-20 4/200 2026-03-23 19:02 by macy2011
[考研] 求调剂院校信息 +6 CX 330 2026-03-21 6/300 2026-03-22 15:25 by 无懈可击111
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭