应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 过渡态初始构型
51/1返回列表
查看: 977  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

limengru

新虫 (小有名气)

[求助] 过渡态初始构型

怎样又快又好的构建过渡态的初始构型进行过渡态优化？是部分优化还是根据反应物或者产物构型进行设定？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-10-21 17:36:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyjoy

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
limengru: 金币+3, ★有帮助 2013-11-05 17:19:18
dbb627: 金币+1, 感谢参与讨论 2013-11-23 10:42:08
当然优化的命令部分要使用做TS的命令，如opt=（ts,calcfc)。刚才打错了。
赞一下 回复此楼
5楼2013-11-03 14:07:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

lyjoy

金虫 (正式写手)
★
fegg7502: 金币+1, 鼓励交流 2013-11-02 10:45:51
准确构建过渡态的初始构型需要经验，比如做多了，就知道一般C-C ,C-N,C-O等常规化学键在过渡态中的长度是多少埃，部分优化的时候直接给到这个数据。也可以先用低级方法做部分优化，构型比较合理后再升级到自己最终想要用的方法固定优化一次后放开优化，对于单键的成键和断键反应，一般要让固定的那个参数对应的力常数值在0~-0.02之内才比较容易做出来。个人经验，仅供参考：）
赞一下 回复此楼
2楼2013-11-01 09:23:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

limengru

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lyjoy at 2013-11-01 09:23:11
准确构建过渡态的初始构型需要经验，比如做多了，就知道一般C-C ,C-N,C-O等常规化学键在过渡态中的长度是多少埃，部分优化的时候直接给到这个数据。也可以先用低级方法做部分优化，构型比较合理后再升级到自己最终想 ...

部分优化优化的是哪一部分？
赞一下 回复此楼
3楼2013-11-01 19:48:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyjoy

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by limengru at 2013-11-01 19:48:33
部分优化优化的是哪一部分？...

比如H2O的坐标参数：
O
H  1  B1
H  1  B2  2 A1

B1   1.0
B2  1.0
A1  109.0
你要做对应其中一个OH （B1）断开的过渡态（其实这个可能没有过渡态，仅只是个例子），那么固定优化的时候，就是固定B1，优化B2和A1，格式：

O
H  1  B1
H  1  B2  2 A1

B2  1.0
A1  109.0

B1   1.0

固定优化结束后，放开优化时在主反应坐标B1后面空格加“3”，格式：

O
H  1  B1
H  1  B2  2 A1

B1   1.0      3
B2  1.0
A1  109.0

当然优化的命名部分要使用做TS的命令，如opt=（ts,calcfc)
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-11-03 14:06:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭