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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 有关IRC分析验证过渡态的问题
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蓝云星

金虫 (小有名气)

[求助] 有关IRC分析验证过渡态的问题

我通常都用IRC分析验证过渡态的对错，但是也有人说IRC不是那么可靠，有以下几点疑问，希望大家给与解答啊
1. 你们用IRC分析验证过渡态吗
2. IRC错误 就是 err termination之类的，那我的过渡态一定错吗 有时觉得过渡态振动形式是正确的啊
3. IRC正常结束，但是只跑了两三个点 或者 跑完了但根本不是平滑曲线 有类似折线的 那过渡态也是错的吗
有木有知道的虫子呀
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芊芊百草生，青青百草思。素素如良人，谦卑如君子。
1楼 2012-12-06 09:52:00
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蓝云星

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 春雨飞飞 at 2012-12-17 13:49:21
我也想用IRC分析得到的过渡态是否正确，过渡态只有一个虚频，之前优化和频率计算时也会有虚频，可以想办法消除，计算的这个过渡态有没有必要去消虚频，如果消不掉，是不是也可以说是过渡态啊？

过渡态就是要有一个虚频的 你干吗还要消除？
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芊芊百草生，青青百草思。素素如良人，谦卑如君子。
9楼2012-12-17 20:52:00
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普通回帖

liuyy2009

新虫 (初入文坛)
我通常也是跑IRC判断过渡态的正确性的，有时候也出现错误，但只要振动方式合适就对着呢吧
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2楼2012-12-06 10:52:15
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xiafuting

新虫 (小有名气)
我也是用IRC分析过渡态，但不完全依赖IRC的正常结束。只要IRC的结果可以看出是朝我所想的稳定点跑，就认为过渡态对了
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3楼2012-12-06 23:07:29
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jerry007

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
振动正确频率也差不多就可以了路径有时候找不到

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2012-12-07 06:39:52
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蓝云星

金虫 (小有名气)
嗯 那就只要振动频率差不多对了 就认为过渡态正确了吧
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芊芊百草生，青青百草思。素素如良人，谦卑如君子。
5楼2012-12-07 21:37:36
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TheMatrix

铜虫 (正式写手)
如果振动方向对，频率也合理，IRC初始跑得很“正”，但是到后来就变成另一个构象了（羧基朝向与预想的不同，不是最稳定的那种），这样合理么？
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6楼2012-12-08 18:55:33
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zhongshidaxt

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
蓝云星: 金币+4, ★有帮助, 嗯 IRC还算可靠的 尽量都做IRC确认下吧 谢谢啦 2012-12-17 20:55:29
楼主你好：
我最近刚用IRC来确认较小反应体系的过渡态（过渡态由QST2获得），从我自己计算的例子来看，IRC还是靠谱的。
IRC计算错误的原因有很多。首先可能是你寻找得到的过渡态构型就是不对的。可把寻找到的过渡态做优化和频率分析，确认只有一个虚频的话一般没问题。然后错误的原因可由log文件中找到，然后可以再google和小木虫上查找原因。
只跑了两三个点就结束了，如果是正常结束的话可能是设置的步长太长，可以调整步长。另外，有折线的情况，个人感觉是在计算过程中不同点之间构型变化太大，导致体系能量出现非平缓变化的情况，这个要做具体分析了。
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不求最好，只求更好~
7楼2012-12-08 19:32:03
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春雨飞飞

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也想用IRC分析得到的过渡态是否正确，过渡态只有一个虚频，之前优化和频率计算时也会有虚频，可以想办法消除，计算的这个过渡态有没有必要去消虚频，如果消不掉，是不是也可以说是过渡态啊？
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知识的世界，没有国界，更没有限制与范围，懂得分享，才是智慧。
8楼2012-12-17 13:49:21
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蓝云星

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by TheMatrix at 2012-12-08 18:55:33
如果振动方向对，频率也合理，IRC初始跑得很“正”，但是到后来就变成另一个构象了（羧基朝向与预想的不同，不是最稳定的那种），这样合理么？

我觉得 构型不同没太大关系吧 与前后中间体构型一样就可以了
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芊芊百草生，青青百草思。素素如良人，谦卑如君子。
10楼2012-12-17 20:57:33
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