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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » ts找到过渡态，可以把做irc两端的点提出来优化作为反应物和产物的稳定结构么？
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yurivivi

新虫 (小有名气)

[求助] ts找到过渡态，可以把做irc两端的点提出来优化作为反应物和产物的稳定结构么？已有2人参与

已知反应物和产物的结构，用的是ts的办法找到的过渡态，然后做irc各做了40个点，发现确实往反应物和产物的方向跑了。所以停掉，用各自的最后一个点拿出来再优化，得到了反应物和产物的结构。但是这个结构和我之前单独优化的结构构型是有差别的，角度啊，二面角什么的。请问各位前辈可以用irc的结果这么找反应物和产物么？
ps:算的双分子反应，所以是把A+B放在作为一个输入文件优化的，上面用irc的点优化走出来的构型和之前单独优化的构型不一样。（这个构型主要指两个分子的相对空间位置不一样，A分子和B分子的构型都是没差别的。）还有一个问题：用不同的方法和不同的基组，优化出来的A+B的构型也不一样，这个是正常的么？
希望各位前辈给予指点，完全的新手，也没人指导，都是自己瞎琢磨的。
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1楼2014-04-19 12:35:19
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

清新俊逸

木虫 (正式写手)
A+B放在一起优化出来的不是反应物，而是势垒前面的一个范德华势阱。

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yurivivi
8楼2014-04-21 18:09:41
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yurivivi

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by 清新俊逸 at 2014-04-21 18:09:41
A+B放在一起优化出来的不是反应物，而是势垒前面的一个范德华势阱。

那么请问，这样优化是合理的么？还是各自分开来优化呢？我主要想去计算反应的活化能。
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9楼2014-04-23 10:40:45
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普通回帖

wangsihang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yurivivi: 金币+3, ★有帮助 2014-04-23 10:41:10
不同的基组和方法优化出来的构型会有差异的。如果仅仅是空间位置有差异或者角度有所不同应该是可以忽略的。
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2楼2014-04-19 22:09:57
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yypcnbe

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yurivivi: 金币+2, ★有帮助 2014-04-23 10:41:19
那个两个分子的相对空间位置不一样，你是不是指的是互为镜像结构，可以在gview里面转换镜像
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3楼2014-04-20 17:39:38
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yurivivi

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yypcnbe at 2014-04-20 17:39:38
那个两个分子的相对空间位置不一样，你是不是指的是互为镜像结构，可以在gview里面转换镜像

不是镜像的结构。比如A+B-ts-C+D：A与B搁在一个输入文件里优化之后，用gview打开来，有一个构型。C和D也同样放在一个输入文件里优化，然后也优化出一个最小能量的构型。然后，我是用TS的方法找的过渡态，接下来做irc，但是如果把irc走出来的两端提出来再次分别进行反应物A+B和产物C+D的优化，发现这时候的优化出来的构型和前面优化出来的构型有差别，能量也有差别。这个差别里面仅仅就是A和B分子之间位置的区别，以及C和D之间分子位置的区别，单个的分子构型都是一样的。不知道我说滴明白不，最近这语言组织能力真不咋地啊，望给予指正。
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4楼2014-04-20 20:01:50
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yurivivi

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangsihang at 2014-04-19 22:09:57
不同的基组和方法优化出来的构型会有差异的。如果仅仅是空间位置有差异或者角度有所不同应该是可以忽略的。

因为之前查看了一些帖子，比如说A和B，有人说这两个分子应该放在一起优化，因为有范德华力的存在（这个我不确定，不太懂）。所以两个分子的构型位置跟进攻位点的是有关系的，那这样的话，是不是应该A和B的相对位置在一个输入文件里应该是固定的呢？前提是同一个方法和同一个基组。后来，用irc走出来的两端试试优化构型，本来以为这样找出来反应物和产物的构型应该是要更准确些。结果两个分子之间的这个位置的差距还不小（这个都是用的同一个方法同一个基组），所以我就疑惑了，到底哪个优化出来的构型才是正确的呢？望前辈给予指正。
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5楼2014-04-20 20:07:51
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TINGLI_广

木虫 (小有名气)
请问，您用的是09还是03呢~谢谢
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6楼2014-04-21 09:25:36
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yurivivi

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by TINGLI_广 at 2014-04-21 09:25:36
请问，您用的是09还是03呢~谢谢

09的
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7楼2014-04-21 15:59:20
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清新俊逸

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by yurivivi at 2014-04-23 10:40:45
那么请问，这样优化是合理的么？还是各自分开来优化呢？我主要想去计算反应的活化能。...

计算反应的活化能，肯定不能放在一起优化，活化能是反应物到势垒的能量差，一般还要考虑零点振动能。
至于怎么优化反应物，看你使用的是什么量子化学方法。
如果是size consistent的方法，就可以分开来优化，分别计算A和B的能量和零点能，反应物的能量就是两者之和。
如果不是size consistent的方法，比如MRCI，就要放在一起优化，并且固定A和B两者之间的距离，一般放到20个Boh日左右就可以了。因为不满足size consistent的方法，E(A+B)不等于E(A)+E(B)。
对于size consistent，翻翻教科书吧。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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10楼2014-04-23 11:42:53
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