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ts找到过渡态，可以把做irc两端的点提出来优化作为反应物和产物的稳定结构么？已有2人参与
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已知反应物和产物的结构，用的是ts的办法找到的过渡态，然后做irc各做了40个点，发现确实往反应物和产物的方向跑了。所以停掉，用各自的最后一个点拿出来再优化，得到了反应物和产物的结构。但是这个结构和我之前单独优化的结构构型是有差别的，角度啊，二面角什么的。请问各位前辈可以用irc的结果这么找反应物和产物么？ ps:算的双分子反应，所以是把A+B放在作为一个输入文件优化的，上面用irc的点优化走出来的构型和之前单独优化的构型不一样。（这个构型主要指两个分子的相对空间位置不一样，A分子和B分子的构型都是没差别的。）还有一个问题：用不同的方法和不同的基组，优化出来的A+B的构型也不一样，这个是正常的么？ 希望各位前辈给予指点，完全的新手，也没人指导，都是自己瞎琢磨的。 |
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计算反应的活化能，肯定不能放在一起优化，活化能是反应物到势垒的能量差，一般还要考虑零点振动能。 至于怎么优化反应物，看你使用的是什么量子化学方法。 如果是size consistent的方法，就可以分开来优化，分别计算A和B的能量和零点能，反应物的能量就是两者之和。 如果不是size consistent的方法，比如MRCI，就要放在一起优化，并且固定A和B两者之间的距离，一般放到20个Boh日左右就可以了。因为不满足size consistent的方法，E(A+B)不等于E(A)+E(B)。 对于size consistent，翻翻教科书吧。 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
10楼2014-04-23 11:42:53
wangsihang
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