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yurivivi

新虫 (小有名气)

[求助] ts找到过渡态,可以把做irc两端的点提出来优化作为反应物和产物的稳定结构么? 已有2人参与

已知反应物和产物的结构,用的是ts的办法找到的过渡态,然后做irc各做了40个点,发现确实往反应物和产物的方向跑了。所以停掉,用各自的最后一个点拿出来再优化,得到了反应物和产物的结构。但是这个结构和我之前单独优化的结构构型是有差别的,角度啊,二面角什么的。请问各位前辈可以用irc的结果这么找反应物和产物么?
ps:算的双分子反应,所以是把A+B放在作为一个输入文件优化的,上面用irc的点优化走出来的构型和之前单独优化的构型不一样。(这个构型主要指两个分子的相对空间位置不一样,A分子和B分子的构型都是没差别的。)还有一个问题:用不同的方法和不同的基组,优化出来的A+B的构型也不一样,这个是正常的么?
希望各位前辈给予指点,完全的新手,也没人指导,都是自己瞎琢磨的。
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yypcnbe

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yurivivi: 金币+2, 有帮助 2014-04-23 10:41:19
那个两个分子的相对空间位置不一样,你是不是指的是互为镜像结构,可以在gview里面转换镜像
3楼2014-04-20 17:39:38
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wangsihang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yurivivi: 金币+3, 有帮助 2014-04-23 10:41:10
不同的基组和方法优化出来的构型会有差异的。如果仅仅是空间位置有差异或者角度有所不同应该是可以忽略的。
2楼2014-04-19 22:09:57
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yurivivi

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yypcnbe at 2014-04-20 17:39:38
那个两个分子的相对空间位置不一样,你是不是指的是互为镜像结构,可以在gview里面转换镜像

不是镜像的结构。比如A+B-ts-C+D:A与B搁在一个输入文件里优化之后,用gview打开来,有一个构型。C和D也同样放在一个输入文件里优化,然后也优化出一个最小能量的构型。然后,我是用TS的方法找的过渡态,接下来做irc,但是如果把irc走出来的两端提出来再次分别进行反应物A+B和产物C+D的优化,发现这时候的优化出来的构型和前面优化出来的构型有差别,能量也有差别。这个差别里面仅仅就是A和B分子之间位置的区别,以及C和D之间分子位置的区别,单个的分子构型都是一样的。不知道我说滴明白不,最近这语言组织能力真不咋地啊,望给予指正。
4楼2014-04-20 20:01:50
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yurivivi

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wangsihang at 2014-04-19 22:09:57
不同的基组和方法优化出来的构型会有差异的。如果仅仅是空间位置有差异或者角度有所不同应该是可以忽略的。

因为之前查看了一些帖子,比如说A和B,有人说这两个分子应该放在一起优化,因为有范德华力的存在(这个我不确定,不太懂)。所以两个分子的构型位置跟进攻位点的是有关系的,那这样的话,是不是应该A和B的相对位置在一个输入文件里应该是固定的呢?前提是同一个方法和同一个基组。后来,用irc走出来的两端试试优化构型,本来以为这样找出来反应物和产物的构型应该是要更准确些。结果两个分子之间的这个位置的差距还不小(这个都是用的同一个方法同一个基组),所以我就疑惑了,到底哪个优化出来的构型才是正确的呢?望前辈给予指正。
5楼2014-04-20 20:07:51
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