24小时热门版块排行榜    

查看: 3637  |  回复: 16

蓝云星

金虫 (小有名气)

[求助] 有关IRC分析验证过渡态的问题

我通常都用IRC分析验证过渡态的对错,但是也有人说IRC不是那么可靠,有以下几点疑问,希望大家给与解答啊
1. 你们用IRC分析验证过渡态吗
2. IRC错误 就是 err termination之类的,那我的过渡态一定错吗 有时觉得过渡态振动形式是正确的啊
3. IRC正常结束,但是只跑了两三个点 或者 跑完了但根本不是平滑曲线 有类似折线的 那过渡态也是错的吗
有木有知道的虫子呀
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

芊芊百草生,青青百草思。素素如良人,谦卑如君子。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

蓝云星

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 春雨飞飞 at 2012-12-17 13:49:21
我也想用IRC分析得到的过渡态是否正确,过渡态只有一个虚频,之前优化和频率计算时也会有虚频,可以想办法消除,计算的这个过渡态有没有必要去消虚频,如果消不掉,是不是也可以说是过渡态啊?

过渡态就是要有一个虚频的 你干吗还要消除?
芊芊百草生,青青百草思。素素如良人,谦卑如君子。
9楼2012-12-17 20:52:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

liuyy2009

新虫 (初入文坛)

我通常也是跑IRC判断过渡态的正确性的,有时候也出现错误,但只要振动方式合适就对着呢吧
2楼2012-12-06 10:52:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiafuting

新虫 (小有名气)

我也是用IRC分析过渡态,但不完全依赖IRC的正常结束。只要IRC的结果可以看出是朝我所想的稳定点跑,就认为过渡态对了
3楼2012-12-06 23:07:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jerry007

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
振动正确频率也差不多就可以了路径有时候找不到

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2012-12-07 06:39:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蓝云星

金虫 (小有名气)

嗯 那就只要振动频率差不多对了 就认为过渡态正确了吧
芊芊百草生,青青百草思。素素如良人,谦卑如君子。
5楼2012-12-07 21:37:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

TheMatrix

铜虫 (正式写手)

如果振动方向对,频率也合理,IRC初始跑得很“正”,但是到后来就变成另一个构象了(羧基朝向与预想的不同,不是最稳定的那种),这样合理么?
6楼2012-12-08 18:55:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhongshidaxt

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
蓝云星: 金币+4, 有帮助, 嗯 IRC还算可靠的 尽量都做IRC确认下吧 谢谢啦 2012-12-17 20:55:29
楼主你好:
我最近刚用IRC来确认较小反应体系的过渡态(过渡态由QST2获得),从我自己计算的例子来看,IRC还是靠谱的。
IRC计算错误的原因有很多。首先可能是你寻找得到的过渡态构型就是不对的。可把寻找到的过渡态做优化和频率分析,确认只有一个虚频的话一般没问题。然后错误的原因可由log文件中找到,然后可以再google和小木虫上查找原因。
只跑了两三个点就结束了,如果是正常结束的话可能是设置的步长太长,可以调整步长。另外,有折线的情况,个人感觉是在计算过程中不同点之间构型变化太大,导致体系能量出现非平缓变化的情况,这个要做具体分析了。
不求最好,只求更好~
7楼2012-12-08 19:32:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

春雨飞飞

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也想用IRC分析得到的过渡态是否正确,过渡态只有一个虚频,之前优化和频率计算时也会有虚频,可以想办法消除,计算的这个过渡态有没有必要去消虚频,如果消不掉,是不是也可以说是过渡态啊?
知识的世界,没有国界,更没有限制与范围,懂得分享,才是智慧。
8楼2012-12-17 13:49:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蓝云星

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by TheMatrix at 2012-12-08 18:55:33
如果振动方向对,频率也合理,IRC初始跑得很“正”,但是到后来就变成另一个构象了(羧基朝向与预想的不同,不是最稳定的那种),这样合理么?

我觉得 构型不同没太大关系吧 与前后中间体构型一样就可以了
芊芊百草生,青青百草思。素素如良人,谦卑如君子。
10楼2012-12-17 20:57:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 蓝云星 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 不应该看fileCode +4 且听虎啸 2026-08-12 4/200 2026-08-12 12:40 by 行无人
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +8 Tide man 2026-08-10 9/450 2026-08-11 20:39 by beefly
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +3 majunge000 2026-08-11 4/200 2026-08-11 20:13 by lch2012
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +3 布布和一二 2026-08-11 4/200 2026-08-11 15:20 by aasahr
[基金申请] 听说今天filecode变了 +26 布布和一二 2026-08-06 49/2450 2026-08-11 13:18 by WH3796
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
信息提示
请填处理意见