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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 为什么会出现l9999错误及过渡态初始结构怎么设定？
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play900325

铁虫 (小有名气)

[求助] 为什么会出现l9999错误及过渡态初始结构怎么设定？

小女子刚接触高斯不久，主要是算过渡态的。在计算的过程中经常遇到l9999错误。我查了g09程序结构的说明，上面说l9999是计算结束并总结计算结果的link。但是在解决这个问题时，我一般是调整初始分子结构或者直接将错误结果拿出来接着算。这样虽然能够继续计算下去，但是优化出来的东西一看就不是我要的过渡态结构。现在我想问一下各位师兄师姐：
1.为什么会出现l9999错误，如果它指的是计算结束并总结计算结果的link，为什么在之前的计算中没有报错而卡到这里了，有人知道这一步是怎么运算的吗？
2.我用了ts方法来算过渡态，输入的过渡态是教科书上看来的，应该是没有错的，但是经过优化以后就面目全非了。log文件中四个优化检查item都是yes，也有唯一的虚频，虚频值也不小。我是否应该将过渡态的输入分子做调整，或者改别的地方？

谢谢各位！！
PS：我目前主要想弄清楚ts方法如何计算过渡态，所以关于qst2和qst3方法的解释请绕道～
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1楼 2013-10-10 16:59:21
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

sujialing

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
采用TS优化过渡态的时候，你必须保证你的初始结构接近过渡态，这样才会准确否则很容易出现L502和L9999错误。
处理L9999问题常用的有几种方法：
首先，如果的报错的结构没有跑，可以接着继续算；
再有，可以加大optcyc的数值，增大循环量；（对与小分子体系不太有效）
最后，你可以在计算之前先进行一个波长扫描。
我通常都用第三种方法。你出错的原因就是你的过渡态初始结构不合理，建议你试试修改结构。
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越努力，越幸运！
5楼2013-10-11 10:51:33
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play900325

铁虫 (小有名气)
内容已删除
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10楼2013-10-12 18:03:01
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普通回帖

play900325

铁虫 (小有名气)
第二个问题的输入文件：
%nprocshared=2
%mem=200MW
%chk=Cl.chk
#p opt=(calcfc,ts,noeigentest,z-matrix) freq b3lyp/6-31+g(d) geom=connectivity temperature=300 pressure=2

Cl

1 1
C                 -0.59487777   -0.59102614    0.21841270
H                 -0.09048594   -1.48269907   -0.09046958
H                 -0.09046633    0.12230075    0.83617790
H                 -1.60368132   -0.41268050   -0.09046951
Cl                -1.55217100   -1.33665219    1.58275235
Cl                 0.24552484    0.35092804   -1.00001566

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 0.5 6 0.5
2
3
4
5
6
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2楼2013-10-10 17:06:56
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
l9999错误一般是指在规定的步数内没有达到收敛要求，优化未完成，对于你的来说就是还没找到过渡态，通过你的描述应该是构型变化太大导致的，可以尝试对初始构型作调整。
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3楼2013-10-11 07:47:05
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chembetsey

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by play900325 at 2013-10-10 17:06:56
第二个问题的输入文件：
%nprocshared=2
%mem=200MW
%chk=Cl.chk
#p opt=(calcfc,ts,noeigentest,z-matrix) freq b3lyp/6-31+g(d) geom=connectivity temperature=300 pressure=2

Cl

1 1
C             ...

用ts这个选项做最重要的是你要对你想要的结构有个谱。然后把初始构型调到你想要的样子。
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4楼2013-10-11 08:52:09
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play900325

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2013-10-11 07:47:05
l9999错误一般是指在规定的步数内没有达到收敛要求，优化未完成，对于你的来说就是还没找到过渡态，通过你的描述应该是构型变化太大导致的，可以尝试对初始构型作调整。

谢谢哦～～调整的话应该从哪方面呢？分子对称性吗？
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6楼2013-10-11 10:51:34
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by play900325 at 2013-10-11 10:51:34
谢谢哦～～调整的话应该从哪方面呢？分子对称性吗？...

这要根据你所计算的分子或者体系，再联系你所了解的这方面的知识具体看了，找几篇相同研究的文献帮助也应该挺大的
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7楼2013-10-11 11:01:35
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chembetsey

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by play900325 at 2013-10-10 17:06:56
第二个问题的输入文件：
%nprocshared=2
%mem=200MW
%chk=Cl.chk
#p opt=(calcfc,ts,noeigentest,z-matrix) freq b3lyp/6-31+g(d) geom=connectivity temperature=300 pressure=2

Cl

1 1
C             ...

话说你打算算一个什么样的过渡态啊？

不会是CH3Cl跟Cl- 的SN2反应吧？

如果我猜错了，算我没说。如果我猜对了。。。你好好检查一下你的输入文件把。
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8楼2013-10-12 04:33:45
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marson

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
提取出最后一步的构型，重新输入后提交看看行不~
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思想有多远，我们就能走多远~
9楼2013-10-12 09:33:38
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