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过渡态初始构型
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| 怎样又快又好的构建过渡态的初始构型进行过渡态优化？是部分优化还是根据反应物或者产物构型进行设定？ |
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2楼2013-11-01 09:23:11
3楼2013-11-01 19:48:33
lyjoy
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比如H2O的坐标参数： O H 1 B1 H 1 B2 2 A1 B1 1.0 B2 1.0 A1 109.0 你要做对应其中一个OH （B1）断开的过渡态（其实这个可能没有过渡态，仅只是个例子），那么固定优化的时候，就是固定B1，优化B2和A1，格式： O H 1 B1 H 1 B2 2 A1 B2 1.0 A1 109.0 B1 1.0 固定优化结束后，放开优化时在主反应坐标B1后面空格加“3”，格式： O H 1 B1 H 1 B2 2 A1 B1 1.0 3 B2 1.0 A1 109.0 当然优化的命名部分要使用做TS的命令，如opt=（ts,calcfc) |
4楼2013-11-03 14:06:09
lyjoy
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