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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » DNA测序
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xiaomeng12

银虫 (正式写手)

[求助] DNA测序

请问如果对微生物中（有来自两个地区的标本）某一蛋白进行sanger测序，得到的结果可以分析哪些东西？有没有人在在做DNA测序方面的工作？求指教。

[ Last edited by xiaomeng12 on 2013-10-19 at 10:56 ]
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xiaomeng12

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1楼2013-10-19 09:03:35
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wcfbio

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
xiaomeng12: 金币+5 2013-10-20 15:41:31
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiaomeng12 at 2013-10-20 08:25:39
那我可以根据所测出的序列用某个软件推测出蛋白质，与ncbi上的已知序列进行比对吗？...

可以的用DNAstar和DNAman都可以翻译成氨基酸序列，然后再NCBI BLASTP,检索出相似的序列，然后就可以用clustalw等软件进行多重序列的比对了。
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对于誓言一定要实现。
8楼2013-10-20 14:11:07
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eagles123

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaomeng12: 金币+5, ★有帮助 2013-10-19 14:27:58
单纯只测一个蛋白的基因序列的 只能做一点分析， 比如和其他的蛋白的同源性。你是想要得到什么信息？
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2楼2013-10-19 14:01:18
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xiaomeng12

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by eagles123 at 2013-10-19 14:01:18
单纯只测一个蛋白的基因序列的 只能做一点分析， 比如和其他的蛋白的同源性。你是想要得到什么信息？

我测一种细菌中3种具有毒性的蛋白质的序列，可以和genbank上已经公布的序列进行比对，或者其他一些分析。可否告知具体分析的软件或者根据公司的测序结果可以做出什么分析？测序基因的大小大概是2000多bp，一般都用sanger测序吗?
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3楼2013-10-19 14:31:03
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eagles123

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
xiaomeng12: 金币+5, ★有帮助 2013-10-19 21:32:31
直接 blast, 或者把你想对比的序列下载下来 用clusterw 和 tree view 来对比建树都行。 现在这种单基因测序都还是用sanger
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4楼2013-10-19 19:48:10
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xiaomeng12

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by eagles123 at 2013-10-19 19:48:10
直接 blast, 或者把你想对比的序列下载下来 用clusterw 和 tree view 来对比建树都行。 现在这种单基因测序都还是用sanger

不知道你有没有什么电子书或者PPT，或者推荐什么书可以详细描述的？还有提供测序的公司是需要我们提供细菌体DNA，他们会帮忙设计引物，PCR以及测序服务，没有经过T/A克隆的方法会不会对检测有影响呢？
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5楼2013-10-19 21:35:06
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wcfbio

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaomeng12: 金币+5, ★有帮助 2013-10-20 08:25:47
真核生物做18SrDNA，原核生物16SrDNA，做PCR，把细菌保守序列送去测序，把测序结果在NCBI上面比对，可以知道基因的所属属，和蛋白信息的同源性比对。
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对于誓言一定要实现。
6楼2013-10-19 23:40:56
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xiaomeng12

银虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wcfbio at 2013-10-19 23:40:56
真核生物做18SrDNA，原核生物16SrDNA，做PCR，把细菌保守序列送去测序，把测序结果在NCBI上面比对，可以知道基因的所属属，和蛋白信息的同源性比对。

那我可以根据所测出的序列用某个软件推测出蛋白质，与ncbi上的已知序列进行比对吗？
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7楼2013-10-20 08:25:39
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xiaomeng12

银虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wcfbio at 2013-10-20 14:11:07
可以的用DNAstar和DNAman都可以翻译成氨基酸序列，然后再NCBI BLASTP,检索出相似的序列，然后就可以用clustalw等软件进行多重序列的比对了。...

那请问我测序前的前期工作中，需要提取细菌基因组DNA，那你知不知道什么试剂盒比较好？可不可以直接从菌株保藏液（含甘油）直接提取，还是需要重新在平板上培养？
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9楼2013-10-20 15:44:27
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wcfbio

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xiaomeng12: 金币+10, ★有帮助 2013-10-21 08:21:32
xiaomeng12: 金币+10, ★有帮助 2013-10-21 22:49:44
我们实验室用的天根的提基因组试剂盒，不过也不是所有的细菌都适合用试剂盒法，有的用CTAB法提的比试剂盒要好，我们一般试剂盒提不出来的用CTAB法提，甘油保种的可以提，但是菌体可能有点少，我们一般都是接到液体培养基活化后在提，划在固体平板上可以挑菌落去提ＤＮＡ。我的建议是先接到液体培养基里面活化６-10 个小时左右，然后涂在固体的LB平板上面，挑单菌落，纯化两次左右，然后再挑菌落接种到LB液体培养基里面培养12-16h，离心菌体，提基因组。
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对于誓言一定要实现。
10楼2013-10-20 16:04:12
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