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xiaomeng12

银虫 (正式写手)

引用回帖:
10楼: Originally posted by wcfbio at 2013-10-20 16:04:12
我们实验室用的天根的提基因组试剂盒,不过也不是所有的细菌都适合用试剂盒法,有的用CTAB法提的比试剂盒要好,我们一般试剂盒提不出来的用CTAB法提,甘油保种的可以提,但是菌体可能有点少,我们一般都是接到液体培 ...

想咨询一下,我在genbank上查某个基因,共有50多种,可以用聚类分析的方法对这个基因进行聚类分型吗?
11楼2013-11-20 22:28:34
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wcfbio

木虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by xiaomeng12 at 2013-11-20 22:28:34
想咨询一下,我在genbank上查某个基因,共有50多种,可以用聚类分析的方法对这个基因进行聚类分型吗?...

聚类分型,你是要做进化树分析么
对于誓言一定要实现。
12楼2013-11-21 12:38:57
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xiaomeng12

银虫 (正式写手)

引用回帖:
12楼: Originally posted by wcfbio at 2013-11-21 12:38:57
聚类分型,你是要做进化树分析么...

它是同一种细菌,只是来自不同病人的不同菌株上的基因。可以做进化树吗?还有 1 cattttggtg agcttttata gagtaaaata aaagttctta tgggaatgct ttttatggta
       61 tccattggtg ttcgtattca ataataaaat tttctttatt ataacccatt ttcatgcccc
      121 taattttatt ttttaaaaat aaagcccttt aaaatttcaa actttaaccg ataatagttc
      181 caaccaaaag caaggatgcc tttgggtttt ttataacaag gagttacaac aatggctttt
      241 caggtcaata caaatatcaa tgcgatgaat gcgcatgtgc aatccgcact cactcaaaac
怎么转化为fasta格式在clustal上进行比对分析啊?
13楼2013-11-21 12:41:35
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wcfbio

木虫 (正式写手)

引用回帖:
13楼: Originally posted by xiaomeng12 at 2013-11-21 12:41:35
它是同一种细菌,只是来自不同病人的不同菌株上的基因。可以做进化树吗?还有 1 cattttggtg agcttttata gagtaaaata aaagttctta tgggaatgct ttttatggta
       61 tccattggtg ttcgtattca ataataaaat tttctttatt at ...

可以的,但是你得去NCBI找更多的同源性比较高的序列。在TXT格式的文档里面碱基序列前面加>后面可以自己编辑个名字例如abc  。
>abc   
1 cattttggtg agcttttata gagtaaaata aaagttctta tgggaatgct ttttatggta
       61 tccattggtg ttcgtattca ataataaaat tttctttatt ataacccatt ttcatgcccc
      121 taattttatt ttttaaaaat aaagcccttt aaaatttcaa actttaaccg ataatagttc
      181 caaccaaaag caaggatgcc tttgggtttt ttataacaag gagttacaac aatggctttt
      241 caggtcaata caaatatcaa tgcgatgaat gcgcatgtgc aatccgcact cactcaaaac
这个就可以了
对于誓言一定要实现。
14楼2013-11-21 17:06:09
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xiaomeng12

银虫 (正式写手)

引用回帖:
14楼: Originally posted by wcfbio at 2013-11-21 17:06:09
可以的,但是你得去NCBI找更多的同源性比较高的序列。在TXT格式的文档里面碱基序列前面加>后面可以自己编辑个名字例如abc  。
>abc   
1 cattttggtg agcttttata gagtaaaata aaagttctta tgggaatgct tttta ...

谢谢哈。。。你知道一种叫分层聚类法吗
15楼2013-11-21 19:50:18
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wcfbio

木虫 (正式写手)

引用回帖:
15楼: Originally posted by xiaomeng12 at 2013-11-21 19:50:18
谢谢哈。。。你知道一种叫分层聚类法吗...

这个我还不了解的,在进化研究上我比较菜
对于誓言一定要实现。
16楼2013-11-22 10:02:49
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xiaomeng12

银虫 (正式写手)

引用回帖:
16楼: Originally posted by wcfbio at 2013-11-22 10:02:49
这个我还不了解的,在进化研究上我比较菜...

呵呵,谢了。
17楼2013-11-22 10:41:15
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wcfbio

木虫 (正式写手)

引用回帖:
17楼: Originally posted by xiaomeng12 at 2013-11-22 10:41:15
呵呵,谢了。...

呵呵,名字像乡村爱情里面的主角,小蒙
对于誓言一定要实现。
18楼2013-11-22 16:47:17
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xiaomeng12

银虫 (正式写手)

送红花一朵
额。。。随便取的名字了,不过我没有看过乡村爱情故事。。。感谢你多次的回答。。。
19楼2013-11-22 17:05:57
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