24小时热门版块排行榜    

查看: 876  |  回复: 18
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xiaomeng12

银虫 (正式写手)

[求助] DNA测序

请问如果对微生物中(有来自两个地区的标本)某一蛋白进行sanger测序,得到的结果可以分析哪些东西?有没有人在在做DNA测序方面的工作?求指教。

[ Last edited by xiaomeng12 on 2013-10-19 at 10:56 ]
回复此楼

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wcfbio

木虫 (正式写手)

引用回帖:
13楼: Originally posted by xiaomeng12 at 2013-11-21 12:41:35
它是同一种细菌,只是来自不同病人的不同菌株上的基因。可以做进化树吗?还有 1 cattttggtg agcttttata gagtaaaata aaagttctta tgggaatgct ttttatggta
       61 tccattggtg ttcgtattca ataataaaat tttctttatt at ...

可以的,但是你得去NCBI找更多的同源性比较高的序列。在TXT格式的文档里面碱基序列前面加>后面可以自己编辑个名字例如abc  。
>abc   
1 cattttggtg agcttttata gagtaaaata aaagttctta tgggaatgct ttttatggta
       61 tccattggtg ttcgtattca ataataaaat tttctttatt ataacccatt ttcatgcccc
      121 taattttatt ttttaaaaat aaagcccttt aaaatttcaa actttaaccg ataatagttc
      181 caaccaaaag caaggatgcc tttgggtttt ttataacaag gagttacaac aatggctttt
      241 caggtcaata caaatatcaa tgcgatgaat gcgcatgtgc aatccgcact cactcaaaac
这个就可以了
对于誓言一定要实现。
14楼2013-11-21 17:06:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 19 个回答

eagles123

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xiaomeng12: 金币+5, 有帮助 2013-10-19 14:27:58
单纯只测一个蛋白的基因序列的 只能做一点分析, 比如和其他的蛋白的同源性。你是想要得到什么信息?
2楼2013-10-19 14:01:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaomeng12

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by eagles123 at 2013-10-19 14:01:18
单纯只测一个蛋白的基因序列的 只能做一点分析, 比如和其他的蛋白的同源性。你是想要得到什么信息?

我测一种细菌中3种具有毒性的蛋白质的序列,可以和genbank上已经公布的序列进行比对,或者其他一些分析。可否告知具体分析的软件或者根据公司的测序结果可以做出什么分析?测序基因的大小大概是2000多bp,一般都用sanger测序吗?
3楼2013-10-19 14:31:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

eagles123

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
xiaomeng12: 金币+5, 有帮助 2013-10-19 21:32:31
直接 blast, 或者把你想对比的序列下载下来 用clusterw 和 tree view 来对比建树都行。 现在这种单基因测序都还是用sanger
4楼2013-10-19 19:48:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿北化315 求调剂 +3 akrrain 2026-03-24 3/150 2026-03-24 19:35 by 了了了了。。
[考研] 资源与环境 调剂申请(333分) +7 holy J 2026-03-21 7/350 2026-03-24 17:24 by xiaohai104
[考研] 085404电子信息284分求调剂 +4 13659058978 2026-03-24 4/200 2026-03-24 12:15 by syl20081243
[考研] 材料与化工328分调剂 +4 。,。,。,。i 2026-03-23 4/200 2026-03-24 11:03 by 544594351
[考研] 一志愿华东理工大学081700,初试分数271 +5 kotoko_ik 2026-03-23 6/300 2026-03-24 10:29 by 学术搬砖er
[考研] 材料专业求调剂 +11 hanamiko 2026-03-18 11/550 2026-03-23 23:12 by peike
[考研] 384求调剂 +3 子系博 2026-03-22 6/300 2026-03-23 21:45 by 子系博
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境,总分308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-23 8/400 2026-03-23 20:36 by Creta
[考研] 0703化学求调剂 +4 奶油草莓. 2026-03-22 5/250 2026-03-23 19:37 by pswait
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +8 tcxiaoxx 2026-03-20 9/450 2026-03-23 12:16 by tcxiaoxx
[考研] 311求调剂 +6 冬十三 2026-03-18 6/300 2026-03-22 20:18 by edmund7
[考研] 一志愿中南化学(0703)总分337求调剂 +9 niko- 2026-03-19 10/500 2026-03-22 16:08 by ColorlessPI
[考研] 324求调剂 +6 lucky呀呀呀鸭 2026-03-20 6/300 2026-03-22 16:01 by ColorlessPI
[考研] 298求调剂一志愿211 +3 上岸6666@ 2026-03-20 3/150 2026-03-22 15:50 by ColorlessPI
[考研] 0805材料320求调剂 +3 深海物语 2026-03-20 3/150 2026-03-21 15:46 by 无际的草原
[考研] 求调剂 +3 白QF 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:12 by zhukairuo
[考研] 294求调剂材料与化工专硕 +15 陌の森林 2026-03-18 15/750 2026-03-20 23:28 by JourneyLucky
[考研] 考研调剂求学校推荐 +3 伯乐29 2026-03-18 5/250 2026-03-20 22:59 by JourneyLucky
[考研] 295复试调剂 +8 简木ChuFront 2026-03-19 8/400 2026-03-20 20:44 by zhukairuo
[考研] 0856调剂,是学校就去 +8 sllhht 2026-03-19 9/450 2026-03-20 14:25 by 无懈可击111
信息提示
请填处理意见