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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » DNA测序
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xiaomeng12

银虫 (正式写手)

[求助] DNA测序

请问如果对微生物中（有来自两个地区的标本）某一蛋白进行sanger测序，得到的结果可以分析哪些东西？有没有人在在做DNA测序方面的工作？求指教。

[ Last edited by xiaomeng12 on 2013-10-19 at 10:56 ]
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xiaomeng12

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1楼 2013-10-19 09:03:35
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xiaomeng12

银虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by wcfbio at 2013-10-20 14:11:07
可以的用DNAstar和DNAman都可以翻译成氨基酸序列，然后再NCBI BLASTP,检索出相似的序列，然后就可以用clustalw等软件进行多重序列的比对了。...

那请问我测序前的前期工作中，需要提取细菌基因组DNA，那你知不知道什么试剂盒比较好？可不可以直接从菌株保藏液（含甘油）直接提取，还是需要重新在平板上培养？
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9楼2013-10-20 15:44:27
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eagles123

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaomeng12: 金币+5, ★有帮助 2013-10-19 14:27:58
单纯只测一个蛋白的基因序列的 只能做一点分析， 比如和其他的蛋白的同源性。你是想要得到什么信息？
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2楼2013-10-19 14:01:18
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xiaomeng12

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by eagles123 at 2013-10-19 14:01:18
单纯只测一个蛋白的基因序列的 只能做一点分析， 比如和其他的蛋白的同源性。你是想要得到什么信息？

我测一种细菌中3种具有毒性的蛋白质的序列，可以和genbank上已经公布的序列进行比对，或者其他一些分析。可否告知具体分析的软件或者根据公司的测序结果可以做出什么分析？测序基因的大小大概是2000多bp，一般都用sanger测序吗?
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3楼2013-10-19 14:31:03
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eagles123

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
xiaomeng12: 金币+5, ★有帮助 2013-10-19 21:32:31
直接 blast, 或者把你想对比的序列下载下来 用clusterw 和 tree view 来对比建树都行。 现在这种单基因测序都还是用sanger
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4楼2013-10-19 19:48:10
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