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zhangyep121

铜虫 (小有名气)

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专业: 食品科学基础

[求助] 跟大家请教一个荧光定量PCR的问题已有2人参与

注意是荧光定量PCR，不是普通PCR，现在由于一些特殊原因，我想设计一组引物，扩增片段长度为1200bp左右，请问有没有可行性，将变性和延伸时间加长可以吗？探针设计有特殊要求吗？主要问题是这么长的扩增片段主要会出现什么问题，请各位帮忙，谢谢啦！

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1楼 2013-10-09 16:56:40

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zgb1982

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰，手有余香。分子生物期待更详细的解答 2013-10-09 22:00:23

不知道你实验的目的是什么，这么长的片段可能扩增效率是个问题，很难检测到准确的表达量吧。好像设计短的产物片段就是因为扩增效率问题吧。

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4楼2013-10-09 20:54:43

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pennchem

专家顾问 (正式写手)

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管辖: 生物科学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+2, 赠人玫瑰，手有余香。分子生物期待更详细的解答 2013-10-09 22:00:09
zhangyep121: 金币+5, ★有帮助, 谢谢，离5段近一些这个建议不错，会考虑一下 2013-10-10 08:50:37

一般荧光定量PCR扩增片段在100-200bp, 如果要1200bp,应该不是为了检测这个基因存在不存在，或者像检测PCR反应的进程吧？

理论上应该是可行的，扩增的时间延长，而且1200长的产物，在设计探针的时候，选择的余地很大。在延伸的过程中，遇到探针后开始切除检测释放出荧光，所以探针的5’端离引物近一些的话，荧光就会出现的快一些。

没有做过，但是很有兴趣知道实验结果。

楼主好运！

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