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zhangyep121

铜虫 (小有名气)

[求助] 跟大家请教一个荧光定量PCR的问题 已有2人参与

注意是荧光定量PCR,不是普通PCR,现在由于一些特殊原因,我想设计一组引物,扩增片段长度为1200bp左右,请问有没有可行性,将变性和延伸时间加长可以吗?探针设计有特殊要求吗?主要问题是这么长的扩增片段主要会出现什么问题,请各位帮忙,谢谢啦!
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zgb1982

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香。分子生物期待更详细的解答 2013-10-09 22:00:23
不知道你实验的目的是什么,这么长的片段可能扩增效率是个问题,很难检测到准确的表达量吧。好像设计短的产物片段就是因为扩增效率问题吧。
4楼2013-10-09 20:54:43
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pennchem

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+2, 赠人玫瑰,手有余香。分子生物期待更详细的解答 2013-10-09 22:00:09
zhangyep121: 金币+5, ★有帮助, 谢谢,离5段近一些这个建议不错,会考虑一下 2013-10-10 08:50:37
一般荧光定量PCR扩增片段在100-200bp, 如果要1200bp,应该不是为了检测这个基因存在不存在,或者像检测PCR反应的进程吧?

理论上应该是可行的,扩增的时间延长,而且1200长的产物,在设计探针的时候,选择的余地很大。在延伸的过程中,遇到探针后开始切除检测释放出荧光,所以探针的5’端离引物近一些的话,荧光就会出现的快一些。

没有做过,但是很有兴趣知道实验结果。

楼主好运!
行至水穷处,坐看云起时
2楼2013-10-09 17:10:23
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r529887327

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+2, 赠人玫瑰,手有余香。分子生物期待更详细的解答 2013-10-09 22:00:16
zhangyep121: 金币+5, ★有帮助, 谢谢啦! 2013-10-10 08:55:34
个人觉得扩增片段太长了,影响荧光信号的分辨率进而定量效果。
为什么非要这么长的扩增产物呢?
3楼2013-10-09 17:47:17
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zhangyep121

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by r529887327 at 2013-10-09 17:47:17
个人觉得扩增片段太长了,影响荧光信号的分辨率进而定量效果。
为什么非要这么长的扩增产物呢?

您好,其实这么长的扩增片段也是迫不得已的,想跟您讨论一下,扩增片段过长是如何影响荧光信号分辨率呢?是因为延伸速率变长的原因吗?如楼上所说,设计探针靠近上游引物或者下游引物可以吗?
5楼2013-10-10 09:00:41
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