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阡陌蔓

木虫 (正式写手)

[求助] 分子动力学软件的选择？

我们想做不规则的大分子，主要是吸、脱附，在温度压力等条件下孔隙中水的流动和脱附，万分感谢
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厚重的品德，优雅的生活，唯美的爱情，一生追逐！
1楼 2013-09-28 11:25:57
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
阡陌蔓: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-09-28 16:09:09
阡陌蔓: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-09-30 21:59:39
是不是中石油的项目啊？

我了解的NAMD 和gromacs 以及lammps 都可以实现“孔隙中水的流动和脱附”，关键的问题是，你所说的大分子的力场，你如何选择？
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2楼2013-09-28 14:08:24
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阡陌蔓

木虫 (正式写手)
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厚重的品德，优雅的生活，唯美的爱情，一生追逐！
3楼2013-09-28 16:07:33
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阡陌蔓

木虫 (正式写手)
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厚重的品德，优雅的生活，唯美的爱情，一生追逐！
4楼2013-09-28 16:08:34
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

1、我说的这三种分子动力学软件都是开源软件，免费使用的，在你发文章的时候，说明引用一下即可，可以参考这些软件发表的文章。

2、力场的选择，简单说不清楚，你可以搜索一些和你研究课题类似的文献，看看人家是怎么做的。
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5楼2013-09-28 19:49:05
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dixonsion

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-09-28 19:49:05
1、我说的这三种分子动力学软件都是开源软件，免费使用的，在你发文章的时候，说明引用一下即可，可以参考这些软件发表的文章。

2、力场的选择，简单说不清楚，你可以搜索一些和你研究课题类似的文献，看看人家是 ...

1. 您好，请问NAMD 和gromacs 以及lammps 这三个软件，哪个软件对力场的兼容性最好？也就是说哪个软件可以比较自由地使用自定义的力场参数？我知道gmx好像都是使用几种常用的力场，对自定义的力场兼容性并不好，不知道我的理解有没有偏差。

2. 我现在也是刚刚入门动力学，主要做MOFs对气体VOCs的吸附，扩散，MSD，RDF等，这样的体系哪个动力学软件比较合适呢？请版主推荐，谢谢！
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6楼2013-09-29 09:15:09
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by dixonsion at 2013-09-29 09:15:09
1. 您好，请问NAMD 和gromacs 以及lammps 这三个软件，哪个软件对力场的兼容性最好？也就是说哪个软件可以比较自由地使用自定义的力场参数？我知道gmx好像都是使用几种常用的力场，对自定义的力场兼容性并不好，不 ...

1、你理解的对，这样的话lammps最适合了，lammps 所用的力场最广。

2、“吸附；扩散，MSD，RDF”这些软件都可以算，当然了，gromacs有很多后处理的工具，最方便了，lammps仅仅是一个模拟计算的软件，后处理需要你对这些概念有一定的了解之后，可以自己写程序处理，也可以参考其他的工具，如VMD 等
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7楼2013-09-29 10:03:25
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dixonsion

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-09-29 10:03:25
1、你理解的对，这样的话lammps最适合了，lammps 所用的力场最广。

2、“吸附；扩散，MSD，RDF”这些软件都可以算，当然了，gromacs有很多后处理的工具，最方便了，lammps仅仅是一个模拟计算的软件，后处理需要 ...

十分感谢版主的回复！
我已经开始学习lammps了，数据的后处理配合VMD操作性应该还是比较好掌握的。
另外，还有一个小小的问题想请教一下，gmx是否只能局限于做液相体系，对于气相体系就不行了吗？
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8楼2013-09-29 21:33:23
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by dixonsion at 2013-09-29 21:33:23
十分感谢版主的回复！
我已经开始学习lammps了，数据的后处理配合VMD操作性应该还是比较好掌握的。
另外，还有一个小小的问题想请教一下，gmx是否只能局限于做液相体系，对于气相体系就不行了吗？...

抱歉我没有做过着方面的研究，不清楚。

不过，仅凭我个人感觉，应该可以的，关键你得找到合适的力场来描述气相体系。
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9楼2013-09-29 22:00:05
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