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阡陌蔓

木虫 (正式写手)

[求助] 分子动力学软件的选择?

我们想做不规则的大分子,主要是吸、脱附,在温度压力等条件下孔隙中水的流动和脱附,万分感谢
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by dixonsion at 2013-09-29 21:33:23
十分感谢版主的回复!
我已经开始学习lammps了,数据的后处理配合VMD操作性应该还是比较好掌握的。
另外,还有一个小小的问题想请教一下,gmx是否只能局限于做液相体系,对于气相体系就不行了吗?...

抱歉我没有做过着方面的研究,不清楚。

不过,仅凭我个人感觉,应该可以的,关键你得找到合适的力场来描述气相体系。
9楼2013-09-29 22:00:05
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
阡陌蔓: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-09-28 16:09:09
阡陌蔓: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-09-30 21:59:39
是不是中石油的项目啊?

我了解的NAMD 和gromacs 以及lammps 都可以实现“孔隙中水的流动和脱附”,关键的问题是,你所说的大分子的力场,你如何选择?
2楼2013-09-28 14:08:24
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

1、我说的这三种分子动力学软件都是开源软件,免费使用的,在你发文章的时候,说明引用一下即可,可以参考这些软件发表的文章。

2、力场的选择,简单说不清楚,你可以搜索一些和你研究课题类似的文献,看看人家是怎么做的。
5楼2013-09-28 19:49:05
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dixonsion

木虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-09-28 19:49:05
1、我说的这三种分子动力学软件都是开源软件,免费使用的,在你发文章的时候,说明引用一下即可,可以参考这些软件发表的文章。

2、力场的选择,简单说不清楚,你可以搜索一些和你研究课题类似的文献,看看人家是 ...

1. 您好,请问NAMD 和gromacs 以及lammps 这三个软件,哪个软件对力场的兼容性最好?也就是说哪个软件可以比较自由地使用自定义的力场参数?我知道gmx好像都是使用几种常用的力场,对自定义的力场兼容性并不好,不知道我的理解有没有偏差。

2. 我现在也是刚刚入门动力学,主要做MOFs对气体VOCs的吸附,扩散,MSD,RDF等,这样的体系哪个动力学软件比较合适呢?请版主推荐,谢谢!
6楼2013-09-29 09:15:09
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