应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 分子动力学软件的选择？
51/1返回列表
查看: 4297  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

阡陌蔓

木虫 (正式写手)

[求助] 分子动力学软件的选择？

我们想做不规则的大分子，主要是吸、脱附，在温度压力等条件下孔隙中水的流动和脱附，万分感谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
厚重的品德，优雅的生活，唯美的爱情，一生追逐！
1楼 2013-09-28 11:25:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

1、我说的这三种分子动力学软件都是开源软件，免费使用的，在你发文章的时候，说明引用一下即可，可以参考这些软件发表的文章。

2、力场的选择，简单说不清楚，你可以搜索一些和你研究课题类似的文献，看看人家是怎么做的。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-09-28 19:49:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
阡陌蔓: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-09-28 16:09:09
阡陌蔓: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-09-30 21:59:39
是不是中石油的项目啊？

我了解的NAMD 和gromacs 以及lammps 都可以实现“孔隙中水的流动和脱附”，关键的问题是，你所说的大分子的力场，你如何选择？
赞一下 回复此楼
2楼2013-09-28 14:08:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dixonsion

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-09-28 19:49:05
1、我说的这三种分子动力学软件都是开源软件，免费使用的，在你发文章的时候，说明引用一下即可，可以参考这些软件发表的文章。

2、力场的选择，简单说不清楚，你可以搜索一些和你研究课题类似的文献，看看人家是 ...

1. 您好，请问NAMD 和gromacs 以及lammps 这三个软件，哪个软件对力场的兼容性最好？也就是说哪个软件可以比较自由地使用自定义的力场参数？我知道gmx好像都是使用几种常用的力场，对自定义的力场兼容性并不好，不知道我的理解有没有偏差。

2. 我现在也是刚刚入门动力学，主要做MOFs对气体VOCs的吸附，扩散，MSD，RDF等，这样的体系哪个动力学软件比较合适呢？请版主推荐，谢谢！
赞一下 回复此楼
6楼2013-09-29 09:15:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by dixonsion at 2013-09-29 09:15:09
1. 您好，请问NAMD 和gromacs 以及lammps 这三个软件，哪个软件对力场的兼容性最好？也就是说哪个软件可以比较自由地使用自定义的力场参数？我知道gmx好像都是使用几种常用的力场，对自定义的力场兼容性并不好，不 ...

1、你理解的对，这样的话lammps最适合了，lammps 所用的力场最广。

2、“吸附；扩散，MSD，RDF”这些软件都可以算，当然了，gromacs有很多后处理的工具，最方便了，lammps仅仅是一个模拟计算的软件，后处理需要你对这些概念有一定的了解之后，可以自己写程序处理，也可以参考其他的工具，如VMD 等
赞一下 回复此楼
7楼2013-09-29 10:03:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +8 chaojifeixia 2026-03-19 8/400 2026-03-20 11:29 by lature00
[考研] 一志愿吉林大学材料学硕321求调剂 +11 Ymlll 2026-03-18 14/700 2026-03-20 10:46 by EBSD
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +4 @taotao 2026-03-20 4/200 2026-03-20 10:37 by EBSD
[考研] 298-一志愿中国农业大学-求调剂 +8 手机用户 2026-03-17 8/400 2026-03-20 09:32 by 陆伶越
[考研] 0856调剂，是学校就去 +7 sllhht 2026-03-19 8/400 2026-03-20 09:30 by 每天只摆一小会
[考研] 271材料工程求调剂 +7 .6lL 2026-03-18 7/350 2026-03-20 09:10 by xingguangj
[考研] 材料学硕318求调剂 +5 February_Feb 2026-03-19 5/250 2026-03-19 23:51 by 23Postgrad
[考研] 320求调剂0856 +3 不想起名字112 2026-03-19 3/150 2026-03-19 22:53 by 学员8dgXkO
[考研] 求调剂 +3 Mqqqqqq 2026-03-19 3/150 2026-03-19 14:11 by peike
[考研] 一志愿福大288有机化学，求调剂 +3 小木虫200408204 2026-03-18 3/150 2026-03-19 13:31 by houyaoxu
[考研] 本科郑州大学物理学院，一志愿华科070200学硕，346求调剂 +4 我不是一根葱 2026-03-18 4/200 2026-03-19 09:11 by 浮云166
[考研] 334求调剂 +3 志存高远意在机� 2026-03-16 3/150 2026-03-18 08:34 by lm4875102
[考博] 26博士申请 +3 1042136743 2026-03-17 3/150 2026-03-17 23:30 by 轻松不少随
[考研] 一志愿苏州大学材料工程（085601）专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨； 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
[考研] 机械专硕325，寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
[基金申请] 今年的国基金是打分制吗？ 50+3 zhanghaozhu 2026-03-14 3/150 2026-03-16 17:07 by 北京莱茵润色
[考研] 0703 物理化学调剂 +3 我可以上岸的对� 2026-03-13 5/250 2026-03-16 10:50 by 我可以上岸的对�
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭