应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 分子动力学软件的选择？
91/1返回列表
查看: 4604  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

阡陌蔓

木虫 (正式写手)

[求助] 分子动力学软件的选择？

我们想做不规则的大分子，主要是吸、脱附，在温度压力等条件下孔隙中水的流动和脱附，万分感谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
厚重的品德，优雅的生活，唯美的爱情，一生追逐！
1楼 2013-09-28 11:25:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
阡陌蔓: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-09-28 16:09:09
阡陌蔓: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-09-30 21:59:39
是不是中石油的项目啊？

我了解的NAMD 和gromacs 以及lammps 都可以实现“孔隙中水的流动和脱附”，关键的问题是，你所说的大分子的力场，你如何选择？
赞一下 回复此楼
2楼2013-09-28 14:08:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阡陌蔓

木虫 (正式写手)
内容已删除
回复此楼
厚重的品德，优雅的生活，唯美的爱情，一生追逐！
3楼2013-09-28 16:07:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阡陌蔓

木虫 (正式写手)
内容已删除
回复此楼
厚重的品德，优雅的生活，唯美的爱情，一生追逐！
4楼2013-09-28 16:08:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

1、我说的这三种分子动力学软件都是开源软件，免费使用的，在你发文章的时候，说明引用一下即可，可以参考这些软件发表的文章。

2、力场的选择，简单说不清楚，你可以搜索一些和你研究课题类似的文献，看看人家是怎么做的。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-09-28 19:49:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dixonsion

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-09-28 19:49:05
1、我说的这三种分子动力学软件都是开源软件，免费使用的，在你发文章的时候，说明引用一下即可，可以参考这些软件发表的文章。

2、力场的选择，简单说不清楚，你可以搜索一些和你研究课题类似的文献，看看人家是 ...

1. 您好，请问NAMD 和gromacs 以及lammps 这三个软件，哪个软件对力场的兼容性最好？也就是说哪个软件可以比较自由地使用自定义的力场参数？我知道gmx好像都是使用几种常用的力场，对自定义的力场兼容性并不好，不知道我的理解有没有偏差。

2. 我现在也是刚刚入门动力学，主要做MOFs对气体VOCs的吸附，扩散，MSD，RDF等，这样的体系哪个动力学软件比较合适呢？请版主推荐，谢谢！
赞一下 回复此楼
6楼2013-09-29 09:15:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by dixonsion at 2013-09-29 09:15:09
1. 您好，请问NAMD 和gromacs 以及lammps 这三个软件，哪个软件对力场的兼容性最好？也就是说哪个软件可以比较自由地使用自定义的力场参数？我知道gmx好像都是使用几种常用的力场，对自定义的力场兼容性并不好，不 ...

1、你理解的对，这样的话lammps最适合了，lammps 所用的力场最广。

2、“吸附；扩散，MSD，RDF”这些软件都可以算，当然了，gromacs有很多后处理的工具，最方便了，lammps仅仅是一个模拟计算的软件，后处理需要你对这些概念有一定的了解之后，可以自己写程序处理，也可以参考其他的工具，如VMD 等
赞一下 回复此楼
7楼2013-09-29 10:03:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dixonsion

木虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-09-29 10:03:25
1、你理解的对，这样的话lammps最适合了，lammps 所用的力场最广。

2、“吸附；扩散，MSD，RDF”这些软件都可以算，当然了，gromacs有很多后处理的工具，最方便了，lammps仅仅是一个模拟计算的软件，后处理需要 ...

十分感谢版主的回复！
我已经开始学习lammps了，数据的后处理配合VMD操作性应该还是比较好掌握的。
另外，还有一个小小的问题想请教一下，gmx是否只能局限于做液相体系，对于气相体系就不行了吗？
赞一下 回复此楼
8楼2013-09-29 21:33:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by dixonsion at 2013-09-29 21:33:23
十分感谢版主的回复！
我已经开始学习lammps了，数据的后处理配合VMD操作性应该还是比较好掌握的。
另外，还有一个小小的问题想请教一下，gmx是否只能局限于做液相体系，对于气相体系就不行了吗？...

抱歉我没有做过着方面的研究，不清楚。

不过，仅凭我个人感觉，应该可以的，关键你得找到合适的力场来描述气相体系。
赞一下 回复此楼
9楼2013-09-29 22:00:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 阡陌蔓 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 什么时候开奖？ +4 CrisMessi 2026-08-18 4/200 2026-08-19 00:53 by gatelove
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 27/1350 2026-08-18 21:44 by Noways
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +3 瞬息宇宙 2026-08-15 3/150 2026-08-18 21:40 by xiaohuixin
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 9/450 2026-08-18 20:09 by 奶牛小黑
[基金申请] 朋友圈看到的 +4 wangzilk 2026-08-18 5/250 2026-08-18 19:25 by wangzilk
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +51 医学老男孩 2026-08-13 110/5500 2026-08-18 19:07 by icerianxia
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +8 基诺咪客 2026-08-17 11/550 2026-08-18 17:13 by 悠然熊猫
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +9 yuleib84 2026-08-18 10/500 2026-08-18 16:52 by archvillain
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭