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我要学perl么

新虫 (初入文坛)

[求助] 【求组】有谁熟悉二代测序吗?

请教个问题:
1.    同一个RNA样
A组为RNA过滤得到poly A的RNA再建库。
B组为RNA去除掉rRNA和poly A后剩下的所有ncRNA建库测序。

请问A组和B组的FPKM值有可比性吗?

2.  若想学习这些方面的知识,应该看些什么参考书或者资料好点?
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

引用回帖:
3楼: Originally posted by 我要学perl么 at 2013-09-18 12:00:11
用的是Tophat和Cufflinks。

对于FPKM我是百度百科的。。
我的理解有点肤浅,觉得它在一定程度上反映了feature与总features量上的比值,也就是说反映表达量吧。

刚刚有人这么说:“RPKM是一个经过归一化的数 ...

RPKM (Reads Per Kilo base per Million mapped reads) was calculated to represent the expression level for each transcript.
Mortazavi, A.; Williams, B. A.; McCue, K.; Schaeffer, L.; Wold,
B. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq.
Nat. Methods 2008, 5 (7), 621–628.
不过,在我的分析过程中,RPKM和FPKM都没有用上,不知道怎么用。
4楼2013-09-26 00:23:57
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

你用的是Trinity?FPKM有什么意义我到现在也不知道,如果你知道的话,请解释一下。
2楼2013-09-18 07:22:11
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我要学perl么

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-09-18 07:22:11
你用的是Trinity?FPKM有什么意义我到现在也不知道,如果你知道的话,请解释一下。

用的是Tophat和Cufflinks。

对于FPKM我是百度百科的。。
我的理解有点肤浅,觉得它在一定程度上反映了feature与总features量上的比值,也就是说反映表达量吧。

刚刚有人这么说:“RPKM是一个经过归一化的数值,所以一般认为RPKM值理论上可以跨文库、跨测序平台、跨建库手段。”

第一个感觉我觉得样品pool不一样,肯定所测的RPKM值也会有差异吧

对于FPKM我也是糊里糊涂的~
3楼2013-09-18 12:00:11
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我要学perl么

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2013-09-26 00:23:57
RPKM (Reads Per Kilo base per Million mapped reads) was calculated to represent the expression level for each transcript.
Mortazavi, A.; Williams, B. A.; McCue, K.; Schaeffer, L.; Wold,
B. Mapping ...

嗯
我看看这2篇文献。。

5楼2013-09-27 09:48:20
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