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【求组】有谁熟悉二代测序吗？
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请教个问题： 1. 同一个RNA样 A组为RNA过滤得到poly A的RNA再建库。 B组为RNA去除掉rRNA和poly A后剩下的所有ncRNA建库测序。 请问A组和B组的FPKM值有可比性吗？ 2. 若想学习这些方面的知识，应该看些什么参考书或者资料好点？ |
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3楼2013-09-18 12:00:11
wizardfan
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2楼2013-09-18 07:22:11
wizardfan
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RPKM (Reads Per Kilo base per Million mapped reads) was calculated to represent the expression level for each transcript. Mortazavi, A.; Williams, B. A.; McCue, K.; Schaeffer, L.; Wold, B. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq. Nat. Methods 2008, 5 (7), 621–628. 不过，在我的分析过程中，RPKM和FPKM都没有用上，不知道怎么用。 |
4楼2013-09-26 00:23:57
5楼2013-09-27 09:48:20
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