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我要学perl么

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[求助] 【求组】有谁熟悉二代测序吗？

请教个问题：
1. 同一个RNA样
A组为RNA过滤得到poly A的RNA再建库。
B组为RNA去除掉rRNA和poly A后剩下的所有ncRNA建库测序。

请问A组和B组的FPKM值有可比性吗？

2. 若想学习这些方面的知识，应该看些什么参考书或者资料好点？

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1楼 2013-09-17 12:21:57

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wizardfan

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你用的是Trinity？FPKM有什么意义我到现在也不知道，如果你知道的话，请解释一下。

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2楼2013-09-18 07:22:11

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我要学perl么

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2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-09-18 07:22:11
你用的是Trinity？FPKM有什么意义我到现在也不知道，如果你知道的话，请解释一下。

用的是Tophat和Cufflinks。

对于FPKM我是百度百科的。。
我的理解有点肤浅，觉得它在一定程度上反映了feature与总features量上的比值，也就是说反映表达量吧。

刚刚有人这么说：“RPKM是一个经过归一化的数值，所以一般认为RPKM值理论上可以跨文库、跨测序平台、跨建库手段。”

第一个感觉我觉得样品pool不一样，肯定所测的RPKM值也会有差异吧

对于FPKM我也是糊里糊涂的~

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3楼2013-09-18 12:00:11

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wizardfan

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引用回帖:

3楼: Originally posted by 我要学perl么 at 2013-09-18 12:00:11
用的是Tophat和Cufflinks。

对于FPKM我是百度百科的。。
我的理解有点肤浅，觉得它在一定程度上反映了feature与总features量上的比值，也就是说反映表达量吧。

刚刚有人这么说：“RPKM是一个经过归一化的数 ...

RPKM (Reads Per Kilo base per Million mapped reads) was calculated to represent the expression level for each transcript.
Mortazavi, A.; Williams, B. A.; McCue, K.; Schaeffer, L.; Wold,
B. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq.
Nat. Methods 2008, 5 (7), 621–628.
不过，在我的分析过程中，RPKM和FPKM都没有用上，不知道怎么用。

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4楼2013-09-26 00:23:57

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4楼: Originally posted by wizardfan at 2013-09-26 00:23:57
RPKM (Reads Per Kilo base per Million mapped reads) was calculated to represent the expression level for each transcript.
Mortazavi, A.; Williams, B. A.; McCue, K.; Schaeffer, L.; Wold,
B. Mapping ...

嗯
我看看这2篇文献。。

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5楼2013-09-27 09:48:20

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清新百合3

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4楼: Originally posted by wizardfan at 2013-09-25 17:23:57
RPKM (Reads Per Kilo base per Million mapped reads) was calculated to represent the expression level for each transcript.
Mortazavi, A.; Williams, B. A.; McCue, K.; Schaeffer, L.; Wold,
B. Mapping ...

请问生物信息学中有专门保存某个材料表达量的类似“fpkm_tracking”这样的文本格式吗？如果有，能不能把那个软件给我发一下啊谢谢

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心如止水

6楼2014-03-12 11:02:53

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