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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD模拟对硬件的要求
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周_周

银虫 (初入文坛)

[交流] NAMD模拟对硬件的要求

小弟初学MD模拟，想用NAMD这个软件，不知道该软件计算对硬件的要求怎样，不知道个人笔记本能跑吗？
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1楼 2013-09-03 21:26:01
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周_周

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
16楼: Originally posted by yaozhq at 2013-09-05 10:03:46
MD这种计算看你跑的规模了 一般来说没有跑不起来 只有跑的龟速 笔记本性能肯定是瓶颈啦 真做这个方向 没好电脑的话 时间上太折磨了 也许你思路对的 但是要一个月来验证一次 万一死机出错错了怎么办？GPU倒是一个比 ...

非常感谢你的回答！你说的十分在理，请问你说的GPU方案是什么，能具体告知吗？我在这方便近乎小白
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17楼2013-09-05 10:13:00
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xuxm03

金虫 (小有名气)
★
周_周(金币+1): 谢谢参与
能跑是能跑；就是跑不了多久
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3楼2013-09-04 00:40:49
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niu.bi

木虫 (文坛精英)
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5楼2013-09-04 04:18:08
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herome

金虫 (知名作家)
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周_周(金币+1): 谢谢参与
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6楼2013-09-04 04:18:08
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lastpython

木虫 (职业作家)
★
周_周(金币+1): 谢谢参与
祝福楼主
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7楼2013-09-04 04:20:10
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fakebook

木虫 (文坛精英)
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愿楼主心想事成
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8楼2013-09-04 04:21:13
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muchfan

木虫 (知名作家)
★
周_周(金币+1): 谢谢参与
祝福楼主
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9楼2013-09-04 04:22:15
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wally8962

木虫 (著名写手)
★
周_周(金币+1): 谢谢参与
光学习当然没问题
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10楼2013-09-04 11:58:56
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周_周

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by wally8962 at 2013-09-04 11:58:56
光学习当然没问题

这么说想真正做模拟是远远不行了吗？比如做数千个原子的体系
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11楼2013-09-04 13:47:55
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周_周

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xuxm03 at 2013-09-04 00:40:49
能跑是能跑；就是跑不了多久

感谢你的回复！因为我的硕士课题是做分子模拟，那是不是需要给老板申请再配台电脑呢？像什么样配置的电脑才够用呢？
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12楼2013-09-04 13:51:12
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
周_周: 金币+2 2013-09-13 15:08:57
引用回帖:
11楼: Originally posted by 周_周 at 2013-09-04 13:47:55
这么说想真正做模拟是远远不行了吗？比如做数千个原子的体系...

几千个原子跑起来没什么问题。跑一晚上也许也有几个ns。但是笔记本散热不行，频繁死机可不行。
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13楼2013-09-04 15:23:22
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wally8962

木虫 (著名写手)
★
周_周: 金币+1 2013-09-13 15:07:49
引用回帖:
12楼: Originally posted by 周_周 at 2013-09-04 13:51:12
感谢你的回复！因为我的硕士课题是做分子模拟，那是不是需要给老板申请再配台电脑呢？像什么样配置的电脑才够用呢？...

intel 4核+1个nvidia显卡就够了
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14楼2013-09-04 15:24:14
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周_周

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
14楼: Originally posted by wally8962 at 2013-09-04 15:24:14
intel 4核+1个nvidia显卡就够了...

非常感谢你的回答！！刚开始学分子模拟，不懂的地方很多，还望多多指教！
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15楼2013-09-04 16:22:18
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yaozhq

金虫 (小有名气)
★ ★
周_周(金币+1): 谢谢参与
周_周: 金币+1 2013-09-13 15:08:43
引用回帖:
15楼: Originally posted by 周_周 at 2013-09-04 16:22:18
非常感谢你的回答！！刚开始学分子模拟，不懂的地方很多，还望多多指教！...

MD这种计算看你跑的规模了 一般来说没有跑不起来 只有跑的龟速 笔记本性能肯定是瓶颈啦 真做这个方向 没好电脑的话 时间上太折磨了 也许你思路对的 但是要一个月来验证一次 万一死机出错错了怎么办？GPU倒是一个比较高性价比的方案啦 可以考虑
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16楼2013-09-05 10:03:46
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yaozhq

金虫 (小有名气)
★
周_周: 金币+1, 虽然还不是很明白，还是要万分感谢你 2013-09-27 10:40:32
引用回帖:
17楼: Originally posted by 周_周 at 2013-09-05 10:13:00
非常感谢你的回答！你说的十分在理，请问你说的GPU方案是什么，能具体告知吗？我在这方便近乎小白...

就是用英伟达出的带有通用计算功能的显卡 或者专门用来计算的GPU卡
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18楼2013-09-23 10:55:18
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readytogo2楼
2013-09-03 21:56   回复  
周_周(金币+1): 谢谢参与
itime4楼
2013-09-04 00:56   回复  
周_周(金币+1): 谢谢参与
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