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stmoon

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助关于转录组学的一些问题！

想做个酵母的转录组，查看不同胁迫条件下基因差异，看对转录组方面完全不了解，所以想向大家请教一下。
1、今天问测序公司，说收费是按数据量1G，几千到1万元钱不等。麻烦请问一下：1G是具体怎么算的？一般来说，转录组的大小是基因组的多少呀？今天听到一个说法说是3%-5%之间。是不是这样的？
2、做转录组时是不是必须做3次重复？
3、做转录组时是不是涉及到回收率的问题？有家公司说他们的能达到80-90%，市场上很多单位（公司）只能达到40-%0%。
谢谢！
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1楼 2013-08-20 19:24:10
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-08-21 12:45:32
stmoon: 金币+5, ★★★很有帮助, 虽然没有得到全部回复，但非常感谢您的帮助 2013-08-25 10:28:02
我貌似可以回答1G的问题，这个是测序数据量，具体可以这么算：以2*50 bp的测序读长举例（转录组不需要太长的reads），那么10M的reads 其数据量就是 100 bp * 10M=1 G
10M 就是10 Million 条
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2楼2013-08-21 10:01:53
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stmoon

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-08-21 10:01:53
我貌似可以回答1G的问题，这个是测序数据量，具体可以这么算：以2*50 bp的测序读长举例（转录组不需要太长的reads），那么10M的reads 其数据量就是 100 bp * 10M=1 G
10M 就是10 Million 条

嗯，基本懂了，非常感谢。
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3楼2013-08-22 10:44:50
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