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stmoon

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助关于转录组学的一些问题!

想做个酵母的转录组,查看不同胁迫条件下基因差异,看对转录组方面完全不了解,所以想向大家请教一下。
1、今天问测序公司,说收费是按数据量1G,几千到1万元钱不等。麻烦请问一下:1G是具体怎么算的?一般来说,转录组的大小是基因组的多少呀?今天听到一个说法说是3%-5%之间。是不是这样的?
2、做转录组时是不是必须做3次重复?
3、做转录组时是不是涉及到回收率的问题?有家公司说他们的能达到80-90%,市场上很多单位(公司)只能达到40-%0%。
谢谢!
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-08-21 12:45:32
stmoon: 金币+5, ★★★很有帮助, 虽然没有得到全部回复,但非常感谢您的帮助 2013-08-25 10:28:02
我貌似可以回答1G的问题,这个是测序数据量,具体可以这么算:以2*50 bp的测序读长举例(转录组不需要太长的reads),那么10M的reads 其数据量就是 100 bp * 10M=1 G
10M 就是10 Million 条
2楼2013-08-21 10:01:53
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stmoon

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-08-21 10:01:53
我貌似可以回答1G的问题,这个是测序数据量,具体可以这么算:以2*50 bp的测序读长举例(转录组不需要太长的reads),那么10M的reads 其数据量就是 100 bp * 10M=1 G
10M 就是10 Million 条

嗯,基本懂了,非常感谢。
3楼2013-08-22 10:44:50
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