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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 用BLAT软件怎么查找出两个基因组匹配上的基因序列而不是只有序列坐标
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okyla

新虫 (初入文坛)

[求助] 用BLAT软件怎么查找出两个基因组匹配上的基因序列而不是只有序列坐标

我用本地的BLAT 的命令 ./blat 111.fasta 222.fasta output  运行的结果只有匹配上的基因序列的坐标，但我想得到匹配上得基因序列，应该怎么输入命令参数呢？求大神帮忙。
解决方法千万不要是得到坐标后再到FA文件里面自己提取噢。
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1楼 2013-07-02 14:51:00
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libranjie

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

建议你改用blastn把， NCBI的blast，如果本地是blastall -p blastn m0格式直接可以copy下来。
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2楼2013-07-06 21:13:58
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卡卡拉

新虫 (初入文坛)
楼主有答案了吗，能分享下么感谢感谢

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3楼2016-11-06 17:08:18
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