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请问有没有小分子数据库可以直接下载相关的力场参数文件的？
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 amber |
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fhh2626
木虫 (正式写手)
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【答案】应助回帖
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jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-30 08:33:34
lingogo: 金币+10, ★有帮助 2013-04-30 10:19:20
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如果你用CHARMM力场的话 力场参数直接在这里下就行了，只和原子类型有关，和分子无关 http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html 拓扑文件才是指定分子用原子属于那种原子类型的文件，你可以先做成PDB，然后提交到这个网站上去 https://www.paramchem.org/ 他就会自动生成小分子的拓扑文件 |
2楼2013-04-29 23:33:23
3楼2013-04-30 10:18:51
yaozhq
金虫 (小有名气)
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- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2013-05-02 09:30:48