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lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] 请问有没有小分子数据库可以直接下载相关的力场参数文件的？

请问有没有小分子数据库可以直接下载相关的力场参数文件的？
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amber

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1楼 2013-04-28 23:38:46
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-30 08:33:34
lingogo: 金币+10, ★有帮助 2013-04-30 10:19:20
如果你用CHARMM力场的话
力场参数直接在这里下就行了，只和原子类型有关，和分子无关
http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html

拓扑文件才是指定分子用原子属于那种原子类型的文件，你可以先做成PDB，然后提交到这个网站上去
https://www.paramchem.org/
他就会自动生成小分子的拓扑文件
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2楼2013-04-29 23:33:23
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lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-04-29 23:33:23
如果你用CHARMM力场的话
力场参数直接在这里下就行了，只和原子类型有关，和分子无关
http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html

拓扑文件才是指定分子用原子属于那种原子类型的文件，你可以先做成 ...

你好,我用的是amber软件,一般用不到charmm力场,还是谢谢你哟..
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-30 10:18:51
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-02 09:41:41
Amber就直接用其内置的gaff力场就行了 lz可以参考amber网站的教程 有专门的 不要指望存在一个包含所有分子的数据库 可能性太大了 无法穷举的 都是用原子类型再加一些计算来处理
赞一下 回复此楼
4楼2013-05-02 09:30:48
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