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小小赵5881

金虫 (初入文坛)

[求助] 如何构建重组蛋白的三级结构图

我用swiss model进行蛋白质空间结构预测，但是得到的结果只是蛋白质中某个片段序列的结构，通过什么方法才能获得重组蛋白质全长序列的三级结构图
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1楼 2013-04-25 11:38:16
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小小赵5881

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lwroche at 2013-05-05 17:17:03
我觉得通过生物信息学-swiss model进行蛋白质空间结构预测，只能从已有的数据库中搜索相似性结构，如果数据库中没有你的重组蛋白序列，得到的结果当然是蛋白质中某个片段序列的结构。
所以，通过要通过蛋白纯化，然 ...

感谢回复，但是我就是想在结晶之前，通过网站或软件先预测一下，因为纯化和结晶需要时间且还要花钱，我的重组蛋白是用来作疫苗的，空间结构很重要，我想事先知道它的结构好从一堆氨基酸序列中选出最优的
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5楼2013-05-06 12:14:47
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小小赵5881

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-05-05 18:17:25
楼主问的是蛋白质的三维结构预测。

基本原理与基本操作请看附件：

此文献之前看过，但还是感谢
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6楼2013-05-06 12:15:23
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小小赵5881

金虫 (初入文坛)
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7楼2013-05-06 12:17:04
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小小赵5881

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by xulinan at 2013-05-06 12:44:53
建议用modeller试试，swiss建模的效果不好，做简单的点突变还可以。如果楼主同学有用DS的最好，DS比较容易上手，但是DS是收费的，如果没有版权建议就用modeller吧。DS的建模核心其实就是modeller，只是DS操作方式简 ...

请问DS的全称是什么
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12楼2013-05-20 08:22:43
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小小赵5881

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 凌波丽 at 2013-05-06 12:30:50
http://www.predictprotein.org/

http://smart.embl-heidelberg.de/

http://bmerc-www.bu.edu/psa/

http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::toppred...

非常感谢，但前三个只能预测二级结构，后一个是预测跨膜蛋白的拓扑结构的，都不能满足我的要求
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13楼2013-05-20 20:30:02
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小小赵5881

金虫 (初入文坛)
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14楼2013-05-20 20:33:24
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