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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求助关于DNA的优化
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工大新生

银虫 (正式写手)

[求助] 求助关于DNA的优化

请问NAMD可以应用在DNA的优化上吗？另外，gauss可以吗？
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1楼 2013-04-23 14:21:22
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-05-02 08:19:44
NAMD设计出来就是为了模拟生物大分子的，模拟DNA最合适不过了

用NAMD做DNA模拟的论文没有一千篇也有八百篇了吧。。。
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3楼2013-04-23 23:34:09
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zc311213

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-05-02 08:19:12
dna属于多聚体形式，大分子物质，我认为，以目前计算机的性能，不易计算模拟吧！
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yes
2楼2013-04-23 20:40:51
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-05-02 08:19:53
用NAMD优化DNA是没有任何问题的，别的MD软件也是可以的。Gauss优化碱基是可以的。
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
4楼2013-04-24 09:15:34
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工大新生

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-04-23 23:34:09
NAMD设计出来就是为了模拟生物大分子的，模拟DNA最合适不过了

用NAMD做DNA模拟的论文没有一千篇也有八百篇了吧。。。

有木有中文版的教程可以参考一下？
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5楼2013-05-01 10:22:15
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