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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 求助一个DNA片段的构型优化用什么软件好
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pengkai

木虫 (正式写手)

[交流] 求助一个DNA片段的构型优化用什么软件好已有1人参与

最近在购买了34个碱基的合成DNA序列，分子量大概10000，已经通过绘制软件画出了分子式。由于想知道该DNA的立体结构，所以需要对其进行优化。不知道哪个软件可以执行这个功能。曾经考虑用MS，但是原子数太多，很难进行计算。请有经验的大侠帮助一下小虫。在此谢过。
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心若冰清，天塌不惊~
1楼2012-05-16 11:45:36
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-16 15:47:20
你既然知道了碱基序列，用NAMD 模拟，VMD显示
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2楼2012-05-16 13:58:36
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pengkai

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-16 13:58:36:
你既然知道了碱基序列，用NAMD 模拟，VMD显示

简单看了一下NAMD，请问该软件是否能在XP下运行？需要自己编写代码吗？
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心若冰清，天塌不惊~
3楼2012-05-16 20:02:33
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by pengkai at 2012-05-16 20:02:33:
简单看了一下NAMD，请问该软件是否能在XP下运行？需要自己编写代码吗？

可以在XP下运行，要是计算体系比较大，最好还是LINUX下并行计算
你可以到NAMD的官方网站去看看吧
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4楼2012-05-16 20:07:26
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