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finesand

铜虫 (小有名气)

[求助] 如何确定所测DNA序列是哪个物种的?

实验测得数条DNA序列，如何确定每一条序列属于哪个物种的呢？blast的最相似序列对应的物种就是了吗？要比较序列之间相似性吗？要建树吗？
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1楼 2013-03-28 22:41:58
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留小保

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
finesand(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-04-27 16:50:43
ncbi 查询   或者直接blast
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人生若只如初见 何事秋风悲画扇
2楼2013-03-29 09:04:16
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白翠

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
finesand(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-04-27 16:50:53
gyesang: 回帖置顶 2013-04-27 16:50:55
比对最相近的不一定是同一个物种，还要看相似性有多高，一般100%就差不多是同一个物种了。但是若是相似率只有80-90%，还要看你所比对的序列是那段基因上的，保守性如何。还可以将序列下载下来用DNAstar软件比对。
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Thedifferenceinwinningandlosingismostoften...notquitting
3楼2013-03-29 11:21:55
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白翠

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

前面软件名我给弄错了，应该是clustalw软件
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Thedifferenceinwinningandlosingismostoften...notquitting
4楼2013-03-29 11:25:13
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platanus

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-04-27 16:51:07
序列比对只能确定基因序列的相似性而不能确定序列是哪个物种吧，除非序列已经报道且比对的序列达到100%的相似，但是同属里面相近物种的也有序列完全相似的啊，所以不好确定！
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5楼2013-03-29 11:30:22
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我爱吃木瓜啊
6楼2016-03-07 22:07:32
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sdjnyxn123

银虫 (小有名气)
看是什么生物的DNA了，一般来说微生物的话，差不多就跟相似度最高的那一个属于同一科同一属的了

动物的话，有些动物的部分基因直接在NCBI上找不到，我自己新克隆出的一个棘皮动物的基因比对之后相似度最高的是文昌鱼的对应基因，你说我这基因是不是文昌鱼的基因呢

植物不太清楚，按理说植物研究得比较深入了吧
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7楼2016-03-08 09:28:51
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