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spirte雷

木虫 (小有名气)

[求助] pdb文件修改

从RCSB下载下来的pdb 里面有小分子，可以自己删除掉吗，还有在文件里面的CONECT可以删除掉吗？会有什么影响
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amber

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1楼 2013-03-26 12:12:11
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-03-26 14:56:03
spirte雷: 金币+4, ★★★很有帮助 2013-03-26 19:34:16
可以删掉的。。不会有什么影响
如果你用的是NAMD的话键连是靠PSF文件来说明的，PDB文件只是记录坐标位置而已
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2楼2013-03-26 13:07:14
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spirte雷

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-03-26 13:07:14
可以删掉的。。不会有什么影响
如果你用的是NAMD的话键连是靠PSF文件来说明的，PDB文件只是记录坐标位置而已

谢谢你，我用的是gromacs也一样没有影响吗？那要是gromacs的话键连是靠什么文件来说明的
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3楼2013-03-26 15:56:29
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fhh2626

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by spirte雷 at 2013-03-26 15:56:29
谢谢你，我用的是gromacs也一样没有影响吗？那要是gromacs的话键连是靠什么文件来说明的...

没有影响的，GROMACS和NAMD类似，也有拓扑文件，可能这个文件需要自己写
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youngfi
4楼2013-03-26 16:43:31
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d1023c

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
spirte雷: 金币+1, ★有帮助 2013-03-26 19:34:24
你可以把pdb改成mol2文件后，用sirius改
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5楼2013-03-26 17:44:21
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youngfi

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-03-26 16:43:31
没有影响的，GROMACS和NAMD类似，也有拓扑文件，可能这个文件需要自己写...

自己写拓扑文件是不是很麻烦？另外，主要是依据哪个文件写呢？刚刚接触gromacs，烦请楼主不吝赐教。
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事情没有你想得那么简单但也没有你想得那么复杂。
6楼2013-03-28 15:03:01
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