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forgive09

新虫 (初入文坛)

[求助] SSR分子标记的时候为什么部分DNA不能跑出来

本人在做苦瓜SSR的分子标记，但是几次过后，总是有部分DNA的条带不能跑出来，现在我用的是6%聚丙烯酰胺在跑电泳。电压是300V，跑的时间3个小时。到底是体系没有优化好呢，还是其他的什么问题呢？版里谁做过SSR标记的给我支个招，看看我做的苦瓜SSR的分子标记问题出在哪里，给点参考建议，我下面该如何是好？不胜感激

20130320C11FC11R(27~47).jpg
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1楼 2013-03-21 00:11:47
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

恕我直言，你的问题就很含糊。一个个体出现多少条带并没有一定的，尤其是SSR这种短串联标记，这就是所谓个体差异。不是说每个个体都会出现预期的条带。如果motif=2，片段差2个碱基在凝胶你基本分析不出来。用SSR标记最好的检验方法是荧光标记因无，通过genescan才是分辨的最好方法，使用凝胶分析只是看个皮毛，粗略掌握以下Locus的多态性。
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forgive09
将相本无种★男儿当自强
7楼2013-03-23 14:50:05
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普通回帖

qapollo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可能是样品dna质量不高；有的泳道连引物二聚体都没有，所以也可能是扩增时候加的不准。再试几次，如果重复的效果还不是很好可以考虑重新提dna。当然也不是所有的样品都能有很好的条带，实在做不出来就算了，不要在一棵树上吊死。
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2楼2013-03-21 11:21:19
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
跑之前把缓冲液冻成冰块，跑得时候放进缓冲液降温，希望对你有帮助。
从胶图上看不出什么问题。不知道你困扰在什么地方。
祝好
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将相本无种★男儿当自强
3楼2013-03-21 14:15:13
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forgive09

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qapollo at 2013-03-21 11:21:19
可能是样品dna质量不高；有的泳道连引物二聚体都没有，所以也可能是扩增时候加的不准。再试几次，如果重复的效果还不是很好可以考虑重新提dna。当然也不是所有的样品都能有很好的条带，实在做不出来就算了，不要在一 ...

但是用不同引物有时候就能全部扩增出条带？这是体系的问题么？谢谢
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4楼2013-03-21 22:58:19
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forgive09

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by rommel1941 at 2013-03-21 14:15:13
跑之前把缓冲液冻成冰块，跑得时候放进缓冲液降温，希望对你有帮助。
从胶图上看不出什么问题。不知道你困扰在什么地方。
祝好

我想问的是为什么只是出现了部分条带，其他的是什么原因出不来呢？是体系还是其他问题呢？谢谢
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5楼2013-03-21 22:59:32
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qapollo

金虫 (小有名气)
forgive09: 回帖置顶 2013-03-22 22:41:12
引用回帖:
4楼: Originally posted by forgive09 at 2013-03-21 22:58:19
但是用不同引物有时候就能全部扩增出条带？这是体系的问题么？谢谢...

有可能是体系的问题
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6楼2013-03-22 09:04:56
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changes

木虫 (正式写手)
你的检测是用的非变性胶吧。对于SSR标记，建议利用变性的PAGE。

看你的条带，应该是体系有问题。
对于有些样品有些引物有产物，有些引物没有产物的问题。你看看你们实验室其它人有没有这个问题，如果不是的话，就排除PCR仪的问题了。另外，每次做PCR减少每批次的数量，每次做13-6个试试。如果以上都排除了，那可能就是的DNA质量的问题了。
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8楼2013-03-23 21:40:43
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forgive09

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by rommel1941 at 2013-03-23 14:50:05
恕我直言，你的问题就很含糊。一个个体出现多少条带并没有一定的，尤其是SSR这种短串联标记，这就是所谓个体差异。不是说每个个体都会出现预期的条带。如果motif=2，片段差2个碱基在凝胶你基本分析不出来。用SSR标记 ...

真的很感谢你，你讲的有点复杂，我做的是本科的毕业论文！
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9楼2013-03-24 00:14:50
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河
要是本科论文，还不如直接磁珠筛选，你去检测多样性，不是来的更简单。
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将相本无种★男儿当自强
10楼2013-03-25 14:39:02
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