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Amorphous cell 中的密度问题
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Amorphous cell 中对密度的定义为： Density: The density in g/cc of the output structure. In the packing task, if the packing region is constrained by an isosurface, this is the density of the isosurface enclosed volume. 但是不是很理解，是溶剂的密度还是其他啊？这个密度值如何确定啊？ |
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 模拟知识汇总 | Amorphous cell |
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xujc1983
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貌似以上的回帖都没直接回答楼主的问题。 首先，一般的construction任务，和一般的packing任务中，density指的是整个体系的密度。你在填充时会选择一定数目的溶剂分子和溶质分子，这时等于固定了质量m。默认设定的结构模型是立方结构，所以只要定义了密度后，体积就确定下来了，开个立方就是晶格常数了。 有的时候会遇到稀溶液的模型，好像高分子中很常见，这时通常假定溶质加入后溶液的密度与纯溶剂的密度很相近，近似处理直接采用溶剂的密度。 其次，packing任务中有个more菜单，可以选择在等值面闭合的空间内进行填充。比如说有碳纳米管的晶体结构，管内和管外是两个不同的空间，通过创建和选择等值面，可以只在管内的空间内进行填充。这时设置的密度仅仅是这个空间内填充分子后的密度。而不是整个体系（包括碳管和填充的分子）的密度。 最后，help文档中有个碳管内外填充的例子，楼主自己试试就明白了 |
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7楼2013-04-09 20:35:13
cg陈
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cg陈
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6楼2013-04-09 13:19:56
送红花一朵 |
非常感谢，现在我采用volumn&surfaces 计算出盒子里的free volumn，根据水的密度值计算出盒子内应加入水分子的个数，采用sorption往盒子里加水分子，然后通过NPT动力学平衡盒子使其接近实际体系，这样可以吗？ 还有个问题想请教下您，就是我的电脑和服务器建立上了关联，但是只有Discover和AC能提交上任务，并且AC中的Packing提交不到服务器上去，其他的模块如Forcite也提交不上去，是不是电脑和服务器建立关联要一个模块一个模块的建立关联啊？ 我在建模的过程中遇到了很多问题，还请高手指点！ http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5734236 |
8楼2013-04-10 10:48:14
ning_8023cui
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