24小时热门版块排行榜    

查看: 3738  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

yida

木虫 (小有名气)

[求助] Amorphous cell 中的密度问题

Amorphous cell 中对密度的定义为:
Density: The density in g/cc of the output structure. In the packing task, if the packing region is constrained by an isosurface, this is the density of the isosurface enclosed volume.
但是不是很理解,是溶剂的密度还是其他啊?这个密度值如何确定啊?
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

模拟知识汇总 Amorphous cell

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yida

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by xujc1983 at 2013-04-09 20:35:13
貌似以上的回帖都没直接回答楼主的问题。
首先,一般的construction任务,和一般的packing任务中,density指的是整个体系的密度。你在填充时会选择一定数目的溶剂分子和溶质分子,这时等于固定了质量m。默认设定的 ...

非常感谢,现在我采用volumn&surfaces 计算出盒子里的free volumn,根据水的密度值计算出盒子内应加入水分子的个数,采用sorption往盒子里加水分子,然后通过NPT动力学平衡盒子使其接近实际体系,这样可以吗?
还有个问题想请教下您,就是我的电脑和服务器建立上了关联,但是只有Discover和AC能提交上任务,并且AC中的Packing提交不到服务器上去,其他的模块如Forcite也提交不上去,是不是电脑和服务器建立关联要一个模块一个模块的建立关联啊?
我在建模的过程中遇到了很多问题,还请高手指点!
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5734236
8楼2013-04-10 10:48:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yida: 金币+5, ★有帮助 2013-03-08 16:55:37
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-03-11 08:18:47
就是一定温度下溶剂的密度
2楼2013-03-08 16:42:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yida

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cg陈 at 2013-03-08 16:42:47
就是一定温度下溶剂的密度

但是我看有的帖子上说建盒子时最好先用小密度,比较容易建成盒子,我就郁闷了,一定发温度下溶剂的密度是一定的啊,怎么还可以建个小密度的啊?还有就是如果密度是一定的话,为什么还可以选择往盒子里加入溶剂分子的个数啊?
3楼2013-03-08 16:57:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-03-11 08:18:54
yida: 金币+2, ★★★★★最佳答案 2013-03-11 16:03:21
物质的密度是T P N 的函数,通常所说的密度都是在常温常压下测定的,由于液体可压缩性较差,P的影响较小,温度往往起着主要作用。
宏观上讲,一定N,T下,物质的密度是一定的,但是具体到模拟,显然V不能无限大,不然就是呈现气体状态了,所以V应该是在一定溶剂相互作用范围内。
加多加少溶剂数目,这无所谓,只要这个盒子里溶剂分子分布一致,跟宏观溶剂状态近似就好。
4楼2013-03-10 18:05:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见