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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Amorphous cell 中的密度问题
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yida

木虫 (小有名气)

[求助] Amorphous cell 中的密度问题

Amorphous cell 中对密度的定义为：
Density: The density in g/cc of the output structure. In the packing task, if the packing region is constrained by an isosurface, this is the density of the isosurface enclosed volume.
但是不是很理解，是溶剂的密度还是其他啊？这个密度值如何确定啊？
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1楼 2013-03-07 16:43:30
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yida

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by xujc1983 at 2013-04-09 20:35:13
貌似以上的回帖都没直接回答楼主的问题。
首先，一般的construction任务，和一般的packing任务中，density指的是整个体系的密度。你在填充时会选择一定数目的溶剂分子和溶质分子，这时等于固定了质量m。默认设定的 ...

非常感谢，现在我采用volumn&surfaces 计算出盒子里的free volumn，根据水的密度值计算出盒子内应加入水分子的个数，采用sorption往盒子里加水分子，然后通过NPT动力学平衡盒子使其接近实际体系，这样可以吗？
还有个问题想请教下您，就是我的电脑和服务器建立上了关联，但是只有Discover和AC能提交上任务，并且AC中的Packing提交不到服务器上去，其他的模块如Forcite也提交不上去，是不是电脑和服务器建立关联要一个模块一个模块的建立关联啊？
我在建模的过程中遇到了很多问题，还请高手指点！
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5734236
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8楼2013-04-10 10:48:14
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yida: 金币+5, ★有帮助 2013-03-08 16:55:37
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-03-11 08:18:47
就是一定温度下溶剂的密度
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2楼2013-03-08 16:42:47
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cg陈 at 2013-03-08 16:42:47
就是一定温度下溶剂的密度

但是我看有的帖子上说建盒子时最好先用小密度，比较容易建成盒子，我就郁闷了，一定发温度下溶剂的密度是一定的啊，怎么还可以建个小密度的啊？还有就是如果密度是一定的话，为什么还可以选择往盒子里加入溶剂分子的个数啊？
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3楼2013-03-08 16:57:46
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-03-11 08:18:54
yida: 金币+2, ★★★★★最佳答案 2013-03-11 16:03:21
物质的密度是T P N 的函数，通常所说的密度都是在常温常压下测定的，由于液体可压缩性较差，P的影响较小，温度往往起着主要作用。
宏观上讲，一定N，T下，物质的密度是一定的，但是具体到模拟，显然V不能无限大，不然就是呈现气体状态了，所以V应该是在一定溶剂相互作用范围内。
加多加少溶剂数目，这无所谓，只要这个盒子里溶剂分子分布一致，跟宏观溶剂状态近似就好。
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4楼2013-03-10 18:05:14
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