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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS程序的forcite模块中不同约束差别太大是怎么回事？
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longwei1221

铁虫 (小有名气)

[交流] MS程序的forcite模块中不同约束差别太大是怎么回事？

我在用forcite模块进行水的动力学计算时候，得到了均方位移随时间变化的曲线，分四次分别选择了NVT  NPT  NPH  和NVE，结果差别太大了。有两个数量级的差别。另外我在选择不同温度差别也不同，比如300K时候，NVT和NPT差别不他，基本重合，可是在600K（当然实际情况600K已经挥发了）时候就差别很大了，这个我要计算扩散常数该选择什么系综呀？
      另外我要模拟离子液体熔融的LiF盐，好像几个分子动力学模块就只有forcite模块可以提供universe的力场，其他力场好像都无法进行计算，哪位熟悉情况的，可否推荐我使用哪个模块好点？
     还有如果我要进行分子动力学模拟，在针对液体建模时候，怎么才能更加接近实际情况？类似于amorphous cell模块的输入密度的选项好像没有呀，那我怎么才能保证我建模的原子密度与实际情况接近呀？
唉，问题太多了，急切盼望交流，我发的是交流贴，如果你需要金币，我直接给你就是，只希望大家能多多帮忙呀！
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1楼 2012-10-07 00:07:15
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zhenguozq

金虫 (小有名气)
★
longwei1221(金币+1): 谢谢参与
这方面文盲，过来领金币的！
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6楼2012-10-07 09:52:12
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blackdogzmz

木虫 (职业作家)
★
longwei1221(金币+1): 谢谢参与
不会....
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7楼2012-10-07 11:07:04
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longwei1221

铁虫 (小有名气)
大家的回复让我非常失望……
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8楼2012-10-07 16:05:32
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longwei1221

铁虫 (小有名气)
能不能来一个不是仅仅为了金币，稍微讨论两句也好啊，要金币我大把奉送就是
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10楼2012-10-08 17:46:23
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xlblank

新虫 (正式写手)
★
longwei1221(金币+1): 谢谢参与
xlblank回复
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12楼2012-10-09 15:07:59
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liangjun44

至尊木虫 (著名写手)
★
longwei1221(金币+1): 谢谢参与
我回答一个，amorphous cell是有输入密度的设定的，density那里就是了，target density和ramp density都可以设
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13楼2012-10-09 20:08:43
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longwei1221

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by liangjun44 at 2012-10-09 20:08:43
我回答一个，amorphous cell是有输入密度的设定的，density那里就是了，target density和ramp density都可以设

我用了amorhpous cell，可是只能针对类似于水或者甲烷那样的分子，先建好一个分子模型，然后在AC里面填写密度，可是我要建模的是熔盐液体LiF，它们没有成键，不是分子，因此无法建模，而且即使针对单个锂原子被提示没有对应的力场，该如何是好呀？
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14楼2012-10-10 13:04:23
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mutueng

银虫 (小有名气)
★
longwei1221(金币+1): 谢谢参与
楼主一下问的问题很多喔。第一个一般做力学的用NPT，不过之前要保证结构可用。第二个不知楼主版本，不能计算问题不明，答不了，discover可以试试。第三个问题，有得设置，不知你所建何物，可以在amorphous建的盒子里面加不同原子，例如水分子和其它原子分开，确定他们比例就行。是不是楼主版本太低？多多看看帮助文件和相关文献吧~~~
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15楼2012-11-12 19:44:57
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wuji11

新虫 (初入文坛)
★
longwei1221(金币+1): 谢谢参与
我做聚合物膜的，对于液体目前不懂
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16楼2013-05-06 09:42:21
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X_huang

铁虫 (初入文坛)
★
longwei1221(金币+1): 谢谢参与
实际中是NPT系综，计算中用NVT更方便
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18楼2013-05-06 17:02:52
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witnessmiao

木虫 (初入文坛)
★
longwei1221(金币+1): 谢谢参与
建立无定形模型的时候有选择密度这一项，我也在用无定形构建溶剂。
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19楼2013-05-09 11:04:47
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c25968

铁杆木虫 (著名写手)
NVT更好
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20楼2013-05-10 16:30:45
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xcy315

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我也正在做  也不会 慢慢来吧
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21楼2014-12-08 19:43:00
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pigrass

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
MSD曲线需要选区间的，比如NPT、NVT要选择能量基本平稳的段，前期的平衡过程不需要纳入msd曲线
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23楼2015-09-06 10:43:32
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goingabroad2楼
2012-10-07 00:36   回复  
longwei1221(金币+1): 谢谢参与
wuzezhou3楼
2012-10-07 01:15   回复  
longwei1221(金币+1): 谢谢参与
chenghu4楼
2012-10-07 02:40   回复  
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mercivous5楼
2012-10-07 02:56   回复  
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huangshuang19楼
2012-10-08 14:27   回复  
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10临药田中华11楼
2012-10-08 23:06   回复  
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wodenankai17楼
2013-05-06 13:03   回复  
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japmail22楼
2015-09-06 08:41   回复  
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