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yida

木虫 (小有名气)

[求助] Amorphous cell 中的密度问题

Amorphous cell 中对密度的定义为：
Density: The density in g/cc of the output structure. In the packing task, if the packing region is constrained by an isosurface, this is the density of the isosurface enclosed volume.
但是不是很理解，是溶剂的密度还是其他啊？这个密度值如何确定啊？
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1楼 2013-03-07 16:43:30
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cg陈 at 2013-03-10 18:05:14
物质的密度是T P N 的函数，通常所说的密度都是在常温常压下测定的，由于液体可压缩性较差，P的影响较小，温度往往起着主要作用。
宏观上讲，一定N，T下，物质的密度是一定的，但是具体到模拟，显然V不能无限大，不 ...

我看有的文献上说用AC建的盒子，是水的体系，说是由于体系中有机分子很少，可忽略不计，所以可以用水的密度近似代替。这样看来是不是AC中Construction中的密度应该填盒子内物质的平均密度，而packing时填溶剂的密度，我这样理解对吗？
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5楼2013-04-08 22:19:47
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yida: 金币+5, ★有帮助 2013-03-08 16:55:37
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-03-11 08:18:47
就是一定温度下溶剂的密度
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2楼2013-03-08 16:42:47
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yida

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cg陈 at 2013-03-08 16:42:47
就是一定温度下溶剂的密度

但是我看有的帖子上说建盒子时最好先用小密度，比较容易建成盒子，我就郁闷了，一定发温度下溶剂的密度是一定的啊，怎么还可以建个小密度的啊？还有就是如果密度是一定的话，为什么还可以选择往盒子里加入溶剂分子的个数啊？
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3楼2013-03-08 16:57:46
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-03-11 08:18:54
yida: 金币+2, ★★★★★最佳答案 2013-03-11 16:03:21
物质的密度是T P N 的函数，通常所说的密度都是在常温常压下测定的，由于液体可压缩性较差，P的影响较小，温度往往起着主要作用。
宏观上讲，一定N，T下，物质的密度是一定的，但是具体到模拟，显然V不能无限大，不然就是呈现气体状态了，所以V应该是在一定溶剂相互作用范围内。
加多加少溶剂数目，这无所谓，只要这个盒子里溶剂分子分布一致，跟宏观溶剂状态近似就好。
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4楼2013-03-10 18:05:14
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