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yida

木虫 (小有名气)

[求助] Amorphous cell 中的密度问题

Amorphous cell 中对密度的定义为:
Density: The density in g/cc of the output structure. In the packing task, if the packing region is constrained by an isosurface, this is the density of the isosurface enclosed volume.
但是不是很理解,是溶剂的密度还是其他啊?这个密度值如何确定啊?
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yida

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by cg陈 at 2013-03-10 18:05:14
物质的密度是T P N 的函数,通常所说的密度都是在常温常压下测定的,由于液体可压缩性较差,P的影响较小,温度往往起着主要作用。
宏观上讲,一定N,T下,物质的密度是一定的,但是具体到模拟,显然V不能无限大,不 ...

我看有的文献上说用AC建的盒子,是水的体系,说是由于体系中有机分子很少,可忽略不计,所以可以用水的密度近似代替。这样看来是不是AC中Construction中的密度应该填盒子内物质的平均密度,而packing时填溶剂的密度,我这样理解对吗?
5楼2013-04-08 22:19:47
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yida: 金币+5, ★有帮助 2013-03-08 16:55:37
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-03-11 08:18:47
就是一定温度下溶剂的密度
2楼2013-03-08 16:42:47
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yida

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cg陈 at 2013-03-08 16:42:47
就是一定温度下溶剂的密度

但是我看有的帖子上说建盒子时最好先用小密度,比较容易建成盒子,我就郁闷了,一定发温度下溶剂的密度是一定的啊,怎么还可以建个小密度的啊?还有就是如果密度是一定的话,为什么还可以选择往盒子里加入溶剂分子的个数啊?
3楼2013-03-08 16:57:46
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-03-11 08:18:54
yida: 金币+2, ★★★★★最佳答案 2013-03-11 16:03:21
物质的密度是T P N 的函数,通常所说的密度都是在常温常压下测定的,由于液体可压缩性较差,P的影响较小,温度往往起着主要作用。
宏观上讲,一定N,T下,物质的密度是一定的,但是具体到模拟,显然V不能无限大,不然就是呈现气体状态了,所以V应该是在一定溶剂相互作用范围内。
加多加少溶剂数目,这无所谓,只要这个盒子里溶剂分子分布一致,跟宏观溶剂状态近似就好。
4楼2013-03-10 18:05:14
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