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Amorphous cell 中的密度问题
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Amorphous cell 中对密度的定义为： Density: The density in g/cc of the output structure. In the packing task, if the packing region is constrained by an isosurface, this is the density of the isosurface enclosed volume. 但是不是很理解，是溶剂的密度还是其他啊？这个密度值如何确定啊？ |
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 模拟知识汇总 | Amorphous cell |
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xujc1983
木虫 (著名写手)
苦逼青椒一枚
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貌似以上的回帖都没直接回答楼主的问题。 首先，一般的construction任务，和一般的packing任务中，density指的是整个体系的密度。你在填充时会选择一定数目的溶剂分子和溶质分子，这时等于固定了质量m。默认设定的结构模型是立方结构，所以只要定义了密度后，体积就确定下来了，开个立方就是晶格常数了。 有的时候会遇到稀溶液的模型，好像高分子中很常见，这时通常假定溶质加入后溶液的密度与纯溶剂的密度很相近，近似处理直接采用溶剂的密度。 其次，packing任务中有个more菜单，可以选择在等值面闭合的空间内进行填充。比如说有碳纳米管的晶体结构，管内和管外是两个不同的空间，通过创建和选择等值面，可以只在管内的空间内进行填充。这时设置的密度仅仅是这个空间内填充分子后的密度。而不是整个体系（包括碳管和填充的分子）的密度。 最后，help文档中有个碳管内外填充的例子，楼主自己试试就明白了 |
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yida7楼2013-04-09 20:35:13