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MEGA进行聚类分析中使用的序列是什么序列？怎样获得？
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如题：使用MEGA5进行一类蛋白的聚类分析，网上有很漂亮的图（图2），我也想制作这种图。纯新手，请大家给讲解一下，越详细越好。谢过啦～～～ 1. 使用DNA,mRNA,cDNA,coding sequence还是直接使用amino acid sequence来制作？对于这点很迷茫（许多文章中都是通过NCBI用关键词在Genbank里搜索出这类蛋白的所有基因，在用些well characterized 蛋白进行 tblastn ；或者各种blast，但究竟是用的哪种序列更confident和reliable呢） 2. 我现在只知道从uniprot中搜到aa sequence，里面可以找到mRNA和Genomic DNA（图1），但是后面各自又有个Translation，不明白这是什么意思，哪个是我所需要的聚类用的序列？或者都不是。 如果它们都不是，那我又从哪里获得序列呢？  图1.jpg  图2.jpg |
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2楼2013-03-07 00:13:59
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遥控器68: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-03-07 18:20:19
遥控器68: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-03-07 18:20:19
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1. some DNA mutations are silent, i.e. the corresponding protein sequence is the same. The protein alignment can give you better idea about the effect of the mutation, e.g. structural change, antibody design etc. 2. the translated protein sequences should be fine |
5楼2013-03-07 17:52:07
