| 查看: 1610 | 回复: 4 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
MEGA进行聚类分析中使用的序列是什么序列？怎样获得？
|
||
|
如题：使用MEGA5进行一类蛋白的聚类分析，网上有很漂亮的图（图2），我也想制作这种图。纯新手，请大家给讲解一下，越详细越好。谢过啦～～～ 1. 使用DNA,mRNA,cDNA,coding sequence还是直接使用amino acid sequence来制作？对于这点很迷茫（许多文章中都是通过NCBI用关键词在Genbank里搜索出这类蛋白的所有基因，在用些well characterized 蛋白进行 tblastn ；或者各种blast，但究竟是用的哪种序列更confident和reliable呢） 2. 我现在只知道从uniprot中搜到aa sequence，里面可以找到mRNA和Genomic DNA（图1），但是后面各自又有个Translation，不明白这是什么意思，哪个是我所需要的聚类用的序列？或者都不是。 如果它们都不是，那我又从哪里获得序列呢？  图1.jpg  图2.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有13人回复
-
2025年遐想
已经有5人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
-
求个博导看看
已经有18人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 怎样导出MEGA比对好的序列
已经有14人回复
- 请问在GenBank上找到了一条序列，怎样知道作者所用引物的序列？
已经有9人回复
- 构建进化树过程中，我如何把我的菌的序列 和我 选择同源的序列 编辑在一起进行比对？
已经有5人回复
- 问个泛函分析的问题， 有关序列极限，略难。。。
已经有13人回复
- 如何克隆一个在小鼠、大鼠中序列已知，但在人未知的基因？
已经有11人回复
- 序列相似度较低，该如何申请获得基因登陆号
已经有4人回复
- 请教各位，聚类分析图和系统发生树有什么区别？
已经有5人回复
- 蛋白氨基酸序列分析及二、三、四级结构的鉴定
已经有33人回复
- 蛋白质序列分析
已经有5人回复
- 我向Genbank提交了序列并收到了登录号，可我把那封邮件弄没了，怎么再获得登录号？
已经有12人回复
- 【求助/交流】举例说明模式生物中一个基因的序列的获取、序列分析和功能分析
已经有8人回复
- 【求助】安捷伦7890A5975C气相色谱质谱仪序列中断
已经有3人回复
- 【原创】利用网络资源进行序列数据分析一条龙方法
已经有12人回复
- 【求助】氨基酸序列三维结构的获得
已经有5人回复
- 【求助/交流】怎样在一段序列中查找可能的测序引物？
已经有4人回复
- 【推荐】序列对齐分析
已经有14人回复
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- BioEPI: 18
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24628.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
3楼2013-03-07 08:02:37
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- BioEPI: 18
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24628.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
遥控器68: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-03-07 18:20:19
遥控器68: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-03-07 18:20:19
|
1. some DNA mutations are silent, i.e. the corresponding protein sequence is the same. The protein alignment can give you better idea about the effect of the mutation, e.g. structural change, antibody design etc. 2. the translated protein sequences should be fine |
5楼2013-03-07 17:52:07