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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助各位高手：做SSR分子标记时，只知道上下游引物,请问如何知道所需目的片段的大小
汕头大学海洋科学接受调剂
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sweetian2011

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求助各位高手：做SSR分子标记时，只知道上下游引物,请问如何知道所需目的片段的大小 已有1人参与

求助各位高手：我刚接触SSR，在做SSR分子标记时，跑得垂直电泳有的引物跑出来有四五条带，是否需要知道所需目的片段大小，才能选择自己所要的条带？如果需要知道目的片段大小该用什么方法呢？（引物是我师姐设计的，已经毕业，我只知道上下游引物序列，引物来源不清楚）
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Where there's a will , there's a way!
1楼 2013-03-02 20:57:21
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徐小培

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引物上有一段和DNA序列互补的，可以根据这个比对，估测出来！然后和电泳胶上指示的大小进行比对！
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sweetian2011
2楼2013-03-02 22:09:28
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sweetian2011

铜虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 徐小培 at 2013-03-02 22:09:28
引物上有一段和DNA序列互补的，可以根据这个比对，估测出来！然后和电泳胶上指示的大小进行比对！

再请问一下，那个DNA序列应该在哪找，还是是在NCBI上直接blast,就知道比对结果
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Where there's a will , there's a way!
3楼2013-03-04 00:13:00
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徐小培

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by sweetian2011 at 2013-03-04 00:13:00
再请问一下，那个DNA序列应该在哪找，还是是在NCBI上直接blast,就知道比对结果...

直接在word中搜索就行吧！你是这个意思吗？
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4楼2013-03-05 16:31:32
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sweetian2011

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 徐小培 at 2013-03-05 16:31:32
直接在word中搜索就行吧！你是这个意思吗？...

我的意思是，要与引物比对的DNA序列来源？
是必须找到引物来源，也就是已经发表的DNA序列，才能与引物进行比对吗？
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Where there's a will , there's a way!
5楼2013-03-05 16:44:55
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徐小培

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by sweetian2011 at 2013-03-05 16:44:55
我的意思是，要与引物比对的DNA序列来源？
是必须找到引物来源，也就是已经发表的DNA序列，才能与引物进行比对吗？...

恩，应该文献中有，然后在NCBI找。比对就行！
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6楼2013-03-05 20:41:56
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sweetian2011

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 徐小培 at 2013-03-05 20:41:56
恩，应该文献中有，然后在NCBI找。比对就行！...

哦~ 谢谢
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Where there's a will , there's a way!
7楼2013-03-07 18:10:54
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jishidong

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

在ncbi上用blast比对可以估计片段，大小。
非得要用这个引物的话可以提高退火温度，减少非特异条带
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8楼2013-05-29 22:53:45
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檀指一挥

新虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
9楼2013-11-26 23:07:10
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fly_锋

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

楼上的方法都是可行的！你如果能找到引物合成公司，把你前端引物的标号发给他们，他们应该可以帮你查到你想要的！这个方法应该是最快的！
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10楼2014-10-21 11:13:14
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