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sweetian2011

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求助各位高手:做SSR分子标记时,只知道上下游引物,请问如何知道所需目的片段的大小 已有1人参与

求助各位高手:我刚接触SSR,在做SSR分子标记时,跑得垂直电泳有的引物跑出来有四五条带,是否需要知道所需目的片段大小,才能选择自己所要的条带?如果需要知道目的片段大小该用什么方法呢?(引物是我师姐设计的,已经毕业,我只知道上下游引物序列,引物来源不清楚)
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Where there's a will , there's a way!
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jishidong

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

在ncbi上用blast比对可以估计片段,大小。
非得要用这个引物的话可以提高退火温度,减少非特异条带
8楼2013-05-29 22:53:45
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查看全部 10 个回答

徐小培

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引物上有一段和DNA序列互补的,可以根据这个比对,估测出来!然后和电泳胶上指示的大小进行比对!

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2013-03-02 22:09:28
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sweetian2011

铜虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 徐小培 at 2013-03-02 22:09:28
引物上有一段和DNA序列互补的,可以根据这个比对,估测出来!然后和电泳胶上指示的大小进行比对!

再请问一下,那个DNA序列应该在哪找,还是是在NCBI上直接blast,就知道比对结果
Where there's a will , there's a way!
3楼2013-03-04 00:13:00
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徐小培

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by sweetian2011 at 2013-03-04 00:13:00
再请问一下,那个DNA序列应该在哪找,还是是在NCBI上直接blast,就知道比对结果...

直接在word中搜索就行吧!你是这个意思吗?
4楼2013-03-05 16:31:32
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