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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于2^-△△CT结果的处理
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granite16101

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于2^-△△CT结果的处理

各位老师好：
  
        想请教下，进行相对定量后，直接进行2^-△△CT后得出结果就好了，今天看待一个MODULE 5的PPT中有这样的一个描述：
  
        如果求出来的数值有小数点，即为零点几，就应该用1/X，然后在前面加负号？最后的那个2.96换成指数就是0.1285，但是它又进行了一个转换，得到-7.8.

        我不知道是否应该做？很其它文章的处理类型不同啊？这样做最后的统计结果也会受影响吧，PPT内容见下：

       谢谢各位老师！

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1楼2013-01-26 15:53:08
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这要看你做图的Y轴了。如果你只是用表达量的话不用换算，因为control是1，你的处理是0.1285，就是下调到原来的12.85%。如果你要用fold来表示的话，对于下调基因，数值是负数，也就是要对数值小于1的所有表达量做上面解释的那样的处理。
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3楼2013-01-27 03:48:49
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granite16101

新虫 (初入文坛)
It is a game of mathematics!

OK, let's say, if you had 100 apples at the beginning, then you lost 50, only 50 in your hand. We can say that your apples now only 10% of your original quantities. Or, if you want to say, how many times did you get your decrease of your apples comparing with your original? It should be 2 time decrease (减少一倍 or 原来是现在的二倍，100/50=2)． Right? OK, so far so good. Let's put it in your case.

For your case, you can use 2^-△△CT directly and put your results there, the last one is 0.1285. But if you want to say in another way (like the apple case above), how many times your sample decrease comparing with your non-treatment, you could not say 0.1285, it display as -(1/x). Here 1/x means the number of times you compare your treatment with your non-treatment. "-" means that is a decrease. 1/0.1285=7.8, so it means your original group is as 7.8 times much as your 48hr treatment samples.

It always happens when we want to emphasize the importance of something. If you say after 48 hours, the target decrease to 0.1285 of the control group, it sounds not as that kind of shock effects as the target decrease around 7 times (7.8-1). We have to admit that sometimes (maybe always) how to display your data even more important nowadays.

Hope it helpful.
这个是另外一个网站一个老师为我的解答，就是一个数学游戏，我一时没有转过来，贴上来大家可以看看，呵呵！谢谢大家！
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2楼2013-01-26 17:04:30
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dongrh1981

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
最后结果不会影响，上图中的表示是已control为参照，48h的表达量是control的0.1285倍。
用LZ说的处理方式处理后，则是以48h时的目的基因为参照，control的表达量是48h目的基因表达量的7.8倍，这样一种表示能更显著体现48h时基因表达量的降低程度。（其实柱形图也能很形象的体现不同组别间的表达量差异）
针对你的实验，两种表示方法取一种即可，但所有结果必须一致。
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呼吸的痛
4楼2013-01-28 12:02:47
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