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天使1Q86之城

新虫 (初入文坛)

[求助] 酶切连接

第一步:从测序成功的质粒上酶切出目的基因,凝胶回收。
第二步:把质粒35S-GFP-1300酶切出同样的酶切位点,凝胶回收。
第三部:用高效连接酶连接后转化DH5a
结果:转化效率很高,但是没有阳性克隆。
正常来说只要是阳性克隆就应该没有问题的,但是···为什么总是不对呢?
最近做的甚是苦逼,诸位大侠帮帮小弟吧。
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酶切专家

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-10 23:09:46
天使1Q86之城: 金币+2, Thank you 2013-01-14 01:13:33
酶切时间只是一个方面。
酶切设计时需要明确:你酶切的DNA量(一般克隆1-2ug质粒DNA就足够了),DNA的质量(一般,按照质粒试剂盒的标准方法制备的质粒还是可以的,但如果培养时间过长,或制备质粒时不规范,容易导致质粒酶切不完全),限制性 内切酶的用量。
从你描述的情况来看,可能是你的质粒DNA酶切不完全(即存在大量的单酶切产物,而单酶切载体是最容易自连,而形成背景克隆)。验证酶切是否彻底的一个方法就是设计一个载体的自连实验(即在连接反应中用水代替你的克隆基因片段),如果形成大量的克隆,就表明你的载体处理得不好。
其实对你的实验设计进行量化是提高克隆效率的一个很重要的手段,包括:对质粒定量(浓度,纯度等),精确计算酶切所需的酶等。建议你借助doulbe digeston designer进行双酶切设计。你可以在小木虫上搜到其链接。对初学者很有帮助。
5楼2013-01-09 21:57:15
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
是单酶切还是双酶切?单酶切的话载体最好用磷酸酶处理去5'P,避免载体自连。如果是双酶切,确定两个酶的用量,是否都切割完全。既然是从胶上回收的,应该不会把没有切动的质粒回收下来的,可能是有一个酶作用不完全。做酶切的载体质粒和带目的片段的质粒最好定量,可以使酶切更完全有效,也可以避免酶过多产生星活性。
6楼2013-01-10 07:18:55
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普通回帖

hubohuna

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你的应该是酶切时间不够,有很多载体没切开,建议酶切通宵。
2楼2013-01-09 20:03:55
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天使1Q86之城

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hubohuna at 2013-01-09 20:03:55
你的应该是酶切时间不够,有很多载体没切开,建议酶切通宵。

我用的Fermetas快速内切酶,一般四十分钟酶切就很充分了,切质粒用了3个小时。
3楼2013-01-09 20:38:45
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hubohuna

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★
amisking: 金币+5, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-01-09 21:09:12
引用回帖:
3楼: Originally posted by 天使1Q86之城 at 2013-01-09 20:38:45
我用的Fermetas快速内切酶,一般四十分钟酶切就很充分了,切质粒用了3个小时。...

快酶没有慢酶好用的,质粒最好切通宵,因为前面40分钟可能把90%的质粒切开了,但是要100%的切开所有质粒就必须切比较久了,所有最好切通宵。你说你的板子上长了很多的假阳性,肯定是质粒没切充分。
4楼2013-01-09 20:56:12
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zhang881007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你用胶回收我就不谈酶切问题了,建议你做连接时,做几个不同的时间段,1,4,8,o/n. 再做转化,祝你好运!
shine
7楼2013-01-10 10:57:24
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zhang881007

金虫 (小有名气)

忘了一点,质粒与插入片段比列也改变一下,减少质粒量试试。
shine
8楼2013-01-10 10:58:39
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honey倩

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 天使1Q86之城 at 2013-01-09 20:38:45
我用的Fermetas快速内切酶,一般四十分钟酶切就很充分了,切质粒用了3个小时。...

我们实验室也是Fermentas的酶,但是还是用的传统的酶,快酶不咋好用呢…
当你的眼泪忍不住要流出来的时候,睁大眼睛,千万别眨眼,你会看到世界由清晰到模糊的全过程~~
9楼2013-01-10 15:28:55
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cdmmore

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我之前也遇到相同问题,转化率挺高,但没有阳性克隆,可以试试分步酶切,保证每个酶都起作用,保证双酶切
10楼2013-01-10 17:14:52
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