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hraikeyan

金虫 (小有名气)

[求助] 基因文库的评价

各位虫友:我最近构建了一个细菌的基因文库,所选用的载体是PUC19(载体用BamH酶切),感受态细胞为DH5α,现在我正在对我的文库进行评价。
我做了一下几个方面的工作
1.计算克隆子数,根据计算公式,大于理论克隆子的数目。
2.随机挑取10-20个克隆子,提取其质粒,核酸电泳检测其大小(理论应大于空载体)。再对这些质粒用BamH酶切,查看酶切后连入载体的基因片段大小是否在理论范围内)。
请问:这样评价文库,可以吗?我看了很多人都在考察文库的滴度,可是我这是一个很小的亚文库,需要这样评价吗?
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nothing isimpossible
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gaojuan1985

新虫 (正式写手)

您好,我想咨询你一下细菌基因文库构建的问题。
我的是一个革兰氏阳性菌,基因组经Sau 3AI不完全酶切后,与BamHI酶切并CIAP处理后的pUC19连接,然后转化DH5a,但是我的转化涂平板长得克隆很少。pUC19切之后跑胶回收条带清晰,没有弥散。感受态细胞验证没有问题,载体自连的话我用了56 ng pUC进行验证,长了几十个菌落。那么您认为是我的连接有问题还是转化有问题呢?
会不会是连接的量太少?我10ul的连接体系里面有30 ng的载体,150 ng左右的插入片段(2-5kb),16度16 h左右,然后全部涂板,但是只长了几十个克隆,太郁闷了。
我想问一下,你的连接体系里面,pUC19和插入片段分别加了多少ng?连接了多久呢?
2楼2013-04-01 18:59:24
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hraikeyan

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gaojuan1985 at 2013-04-01 18:59:24
您好,我想咨询你一下细菌基因文库构建的问题。
我的是一个革兰氏阳性菌,基因组经Sau 3AI不完全酶切后,与BamHI酶切并CIAP处理后的pUC19连接,然后转化DH5a,但是我的转化涂平板长得克隆很少。pUC19切之后跑胶回收 ...

不好意思,刚看到。我们实验室条件有限,我只是从核酸电泳图上大致估计了载体与目的基因片段的比例。我的基因片段电泳条带的亮度大概是载体的3倍。连接体系是(基因片段6ul,载体2ul,buffer1ul,酶1ul),在22℃下连接1h,16℃连接4h。
nothing isimpossible
3楼2013-05-16 14:05:37
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