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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 批量Blast比对
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tthouse

银虫 (小有名气)

[求助] 批量Blast比对

请教各位达人，听说Biolinux能本地批量基因比对注释，现已经装好了Biolinux系统，下载好了本地Blast数据库，但不知道接下来如何操作，将数据库保存到哪里，用怎么执行等等，麻烦会的朋友指点指点，最好写一下操作步骤，谢谢！
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1楼2012-12-02 14:14:05
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11joy

银虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by hydraphenix at 2012-12-04 14:33:11
简单点说，就是在windows下装一个blast+
然后就是装备queryxxx.fa和targetxxx.fa两个fasta的文件。
然后到目录下用命令行运行下边两条命令（针对核酸序列比对）：
makeblastdb -in targetxxx.fa -dbtype nucl -o ...

这个code太好了~~谢谢亲~~~
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Hey
8楼2013-10-22 23:51:12
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tthouse: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-12-10 11:04:23
我在windows下面运行BLAST，可不可以？
要有fasta文件，用makeblastdb的命令，生成blast数据库
设置好blastdb的位置就可以运行BLAST了。有tutorial说的很清楚的
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2楼2012-12-03 04:48:15
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cory0931

至尊木虫 (文坛精英)

巫山云
小木虫网站内就有许多的教程什么的；另外，还有丁香园，百度文库等等……
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锤之千古
3楼2012-12-03 07:44:47
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tthouse

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-12-03 04:48:15
我在windows下面运行BLAST，可不可以？
要有fasta文件，用makeblastdb的命令，生成blast数据库
设置好blastdb的位置就可以运行BLAST了。有tutorial说的很清楚的

谢谢，这样我也试过，但是要是基因很多的话在线比对会很慢，比如上万个序列，在线比对两千个就花了一天多时间，想学习学习在biolinux下用本地比对
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4楼2012-12-03 13:13:32
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