| 查看: 2190 | 回复: 7 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
tthouse银虫 (小有名气)
|
[求助]
批量Blast比对
|
|
| 请教各位达人，听说Biolinux能本地批量基因比对注释，现已经装好了Biolinux系统，下载好了本地Blast数据库，但不知道接下来如何操作，将数据库保存到哪里，用怎么执行等等，麻烦会的朋友指点指点，最好写一下操作步骤，谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
275求调剂
已经有14人回复
-
调剂310
已经有6人回复
-
283求调剂
已经有3人回复
-
085602 化工专硕 338分 求调剂
已经有12人回复
-
312，生物学求调剂
已经有3人回复
-
化学0703 调剂 306分 一志愿211
已经有4人回复
-
311（085601）求调剂
已经有3人回复
-
复试调剂
已经有3人回复
-
本科双非材料，跨考一志愿华电085801电气，283求调剂，任何专业都可以
已经有6人回复
-
材料与化工272求调剂
已经有9人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 为什么要用本地blast
已经有7人回复
- 已取得基因反向测序结果，要先如何处理再上blast比对？
已经有4人回复
- 如何对已经进行BLAST比对的序列进行功能预测
已经有4人回复
- 如何快速 找到所有膜蛋白
已经有20人回复
- 求助设计好的引物怎样通过blast比对来确定引物的正确性
已经有4人回复
- NCBI登录号申请相关问题
已经有7人回复
- 【交流】Blast比对结果解惑
已经有11人回复
- 【求助/交流】设计的引物在NCBI blast中比对居然没有我的目的片段
已经有5人回复
- 【求助/交流】NCBI中细菌Blast比对100%能不能说是一个种
已经有3人回复
- 【求助/交流】关于序列比对
已经有5人回复
- 【求助/交流】请问，有没有谁知道，如何从NCBI上批量下载一类gene的核苷酸序列？
已经有13人回复
- 【求助/交流】ITS测序
已经有17人回复
hydraphenix
银虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 304.8
- 红花: 1
- 帖子: 149
- 在线: 82.8小时
- 虫号: 1136095
- 注册: 2010-10-31
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
tthouse: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-12-10 11:03:57
tthouse: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-12-10 11:04:35
感谢参与，应助指数 +1
tthouse: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-12-10 11:03:57
tthouse: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-12-10 11:04:35
|
简单点说，就是在windows下装一个blast+ 然后就是装备queryxxx.fa和targetxxx.fa两个fasta的文件。 然后到目录下用命令行运行下边两条命令（针对核酸序列比对）： makeblastdb -in targetxxx.fa -dbtype nucl -out targetxxx blastn -db targetxxx -query queryxxx.fa -task blastn -out blast_outputxxxx.out |
11joy7楼2012-12-04 14:33:11
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- BioEPI: 18
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24632.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
2楼2012-12-03 04:48:15
cory0931
至尊木虫 (文坛精英)
巫山云
- 应助: 28 (小学生)
- 贵宾: 0.101
- 金币: 30146.9
- 散金: 13861
- 红花: 198
- 帖子: 10478
- 在线: 1003.5小时
- 虫号: 1652657
- 注册: 2012-02-29
- 性别: GG
- 专业: 临床兽医学
小木虫网站内就有许多的教程什么的；另外，还有丁香园，百度文库等等…… 
3楼2012-12-03 07:44:47
tthouse
银虫 (小有名气)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 2476.4
- 红花: 1
- 帖子: 153
- 在线: 54.5小时
- 虫号: 276971
- 注册: 2006-09-03
- 性别: GG
- 专业: 农业昆虫学
4楼2012-12-03 13:13:32
