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tthouse银虫 (小有名气)
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[求助]
批量Blast比对
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| 请教各位达人，听说Biolinux能本地批量基因比对注释，现已经装好了Biolinux系统，下载好了本地Blast数据库，但不知道接下来如何操作，将数据库保存到哪里，用怎么执行等等，麻烦会的朋友指点指点，最好写一下操作步骤，谢谢！ |
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2楼2012-12-03 04:48:15
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小木虫网站内就有许多的教程什么的；另外，还有丁香园，百度文库等等……
3楼2012-12-03 07:44:47
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4楼2012-12-03 13:13:32
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5楼2012-12-03 13:14:01
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【答案】应助回帖
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do not understand what you are talking about. General definition: local blast: the blast program is run on a local machine against a local database file, regardless of the operating system. online blast: send the sequence data somewhere on the internet and wait for the result to send back. I local blasted against nr database (the protein one from NCBI, the total file size is more than 5gb ), one search takes 3-8 minutes depends on the length of sequence. in total about 12 days. against swissprot database, same dataset, 11 hours. So really depends on the size of the database file |
6楼2012-12-03 17:53:37
hydraphenix
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【答案】应助回帖
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简单点说，就是在windows下装一个blast+ 然后就是装备queryxxx.fa和targetxxx.fa两个fasta的文件。 然后到目录下用命令行运行下边两条命令（针对核酸序列比对）： makeblastdb -in targetxxx.fa -dbtype nucl -out targetxxx blastn -db targetxxx -query queryxxx.fa -task blastn -out blast_outputxxxx.out |
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