应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 同源模型的建立
91/1返回列表
查看: 2207  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wwb168

银虫 (小有名气)

[求助] 同源模型的建立

本人是初学者，由于老板要求做MTOR抑制剂同源模型的建立，本人无从下手，跪求高手帮忙！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-11-01 16:42:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

messi1910

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-11-03 16:29:20
蛋白质的同源建模吗？可以用swiss-model在线的服务
赞一下 回复此楼
2楼2012-11-01 16:58:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuwei4410

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-11-03 16:29:26
modeller也可以，我用的modeller！
赞一下 回复此楼
一切都是浮云，开心最重要！
3楼2012-11-03 16:18:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-30 09:25:32
1.上网查阅同源模建的基本概念与适用范围，初步明确自己的体系是否可以用同源模建构建三维结构。
2.选择合适的同源模建软件，如在线的swiss-model和可本地安装的modeller,对其使用和结果分析有初步的了解，进一步的优化蛋白结构。
赞一下 回复此楼
4楼2012-11-03 19:42:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Tavel

铜虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-13 14:30:16
呵呵，先让我老板提供同源模建的工具啊，SYBYL的同源模建工具不错，分步模建，模板搜索--构建主链--构建侧链--构建loop区--模型检查--模型优化分步进行，便于发现问题并及时改正。
赞一下 回复此楼
5楼2012-11-29 16:54:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Tavel

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-30 09:25:41
呵呵，先让我老板提供同源模建的工具啊，SYBYL的同源模建工具APM（Advanced protein modeling）不错，分步模建，模板搜索（FUGUE程序）--构建主链--构建侧链--构建loop区--模型检查--模型优化分步进行，便于发现问题并及时改正。
这个软件还同时提供一个经过家族归类的蛋白质数据库，保证同源模板的可靠性
赞一下 回复此楼
6楼2012-11-29 16:56:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

songyunlong

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-12-13 14:29:43
使用http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/ 提供的在线结构预测服务器。

I-TASSER server is an on-line platform for protein structure and function predictions. 3D models are built based on multiple-threading alignments by LOMETS and iterative TASSER assembly simulations; function inslights are then derived by matching the predicted models with BioLiP protein function database. I-TASSER (as 'Zhang-Server') was ranked as the No 1 server for protein structure prediction in recent CASP7, CASP8 and CASP9 experiments.

这个大概是目前最好的同源蛋白模建软件了，可是连续三次在CASP的评比中获得第一的哦。
赞一下 回复此楼
为了人类美好的明天！！
7楼2012-12-09 17:45:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qdbh0806

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-13 14:29:54
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-13 14:30:32
比较简单的是用MOE的同源建模，只是建模的结果有待调整。但是如果只是想要快快的看一下结果是可以用一下的，网上有许多免费版，可以下载一个试试。
赞一下 回复此楼
8楼2012-12-13 13:02:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ningjianan

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Tavel at 2012-11-29 16:54:03
呵呵，先让我老板提供同源模建的工具啊，SYBYL的同源模建工具不错，分步模建，模板搜索--构建主链--构建侧链--构建loop区--模型检查--模型优化分步进行，便于发现问题并及时改正。

请问SYBYL模建出来的蛋白没有二级结构，问题出在哪里？
赞一下 回复此楼
9楼2016-08-23 09:48:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wwb168 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +4 西山十月 2026-08-09 6/300 2026-08-10 00:16 by liufeng0619
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +7 Lanmanbaby 2026-08-09 14/700 2026-08-09 23:33 by Tide man
[基金申请] 关于代码变化问题，想知道的进来 +15 且听虎啸 2026-08-07 22/1100 2026-08-09 22:13 by 布布和一二
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读？ +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 好奇怪的filecode +3 布布和一二 2026-08-08 4/200 2026-08-08 17:46 by zhanghaozhu
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变，有变的大神么？ +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 好消息？这个有何含义？？？ +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[基金申请] 有没有H口的？有收到消息的吗？ +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[基金申请] 纯娱乐，不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 什么时候能放榜呀？ +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭