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wwb168

银虫 (小有名气)

[求助] 同源模型的建立

本人是初学者，由于老板要求做MTOR抑制剂同源模型的建立，本人无从下手，跪求高手帮忙！
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1楼 2012-11-01 16:42:21
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messi1910

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-11-03 16:29:20
蛋白质的同源建模吗？可以用swiss-model在线的服务
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2楼2012-11-01 16:58:41
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liuwei4410

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-11-03 16:29:26
modeller也可以，我用的modeller！
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一切都是浮云，开心最重要！
3楼2012-11-03 16:18:08
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-30 09:25:32
1.上网查阅同源模建的基本概念与适用范围，初步明确自己的体系是否可以用同源模建构建三维结构。
2.选择合适的同源模建软件，如在线的swiss-model和可本地安装的modeller,对其使用和结果分析有初步的了解，进一步的优化蛋白结构。
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4楼2012-11-03 19:42:41
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Tavel

铜虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-13 14:30:16
呵呵，先让我老板提供同源模建的工具啊，SYBYL的同源模建工具不错，分步模建，模板搜索--构建主链--构建侧链--构建loop区--模型检查--模型优化分步进行，便于发现问题并及时改正。
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5楼2012-11-29 16:54:03
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Tavel

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-11-30 09:25:41
呵呵，先让我老板提供同源模建的工具啊，SYBYL的同源模建工具APM（Advanced protein modeling）不错，分步模建，模板搜索（FUGUE程序）--构建主链--构建侧链--构建loop区--模型检查--模型优化分步进行，便于发现问题并及时改正。
这个软件还同时提供一个经过家族归类的蛋白质数据库，保证同源模板的可靠性
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6楼2012-11-29 16:56:41
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songyunlong

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-12-13 14:29:43
使用http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/ 提供的在线结构预测服务器。

I-TASSER server is an on-line platform for protein structure and function predictions. 3D models are built based on multiple-threading alignments by LOMETS and iterative TASSER assembly simulations; function inslights are then derived by matching the predicted models with BioLiP protein function database. I-TASSER (as 'Zhang-Server') was ranked as the No 1 server for protein structure prediction in recent CASP7, CASP8 and CASP9 experiments.

这个大概是目前最好的同源蛋白模建软件了，可是连续三次在CASP的评比中获得第一的哦。
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为了人类美好的明天！！
7楼2012-12-09 17:45:35
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qdbh0806

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-13 14:29:54
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-12-13 14:30:32
比较简单的是用MOE的同源建模，只是建模的结果有待调整。但是如果只是想要快快的看一下结果是可以用一下的，网上有许多免费版，可以下载一个试试。
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8楼2012-12-13 13:02:57
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ningjianan

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Tavel at 2012-11-29 16:54:03
呵呵，先让我老板提供同源模建的工具啊，SYBYL的同源模建工具不错，分步模建，模板搜索--构建主链--构建侧链--构建loop区--模型检查--模型优化分步进行，便于发现问题并及时改正。

请问SYBYL模建出来的蛋白没有二级结构，问题出在哪里？
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9楼2016-08-23 09:48:36
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