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starseeker

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求助,提到了DNA,但是PCR扩不出来

因为实验需要,使用的是大麦的种子而非叶片提取DNA,提完DNA后跑了下电泳,能看到很明显的条带。

但是做了几次退火温度和引物浓度梯度都扩不出来,只有引物二聚体,换了引物后还是这样......在看电泳图分析的时候我发现加了DNA模版与阴性对照相比,连引物二聚体都显得特别暗,现在初步怀疑是DNA模板的问题,请问各位在DNA提取和PCR的过程中,容易残留哪些东西会导致PCR抑制的?有没有相关的解决方法?
顺便贴一下我的DNA提取步骤,大家帮忙参考下,谢谢

1) 30 ~ 60 mg样品在液氮中研细后转入1.5 ml Eppendorf离心管中,加入500 μl TES;加50 ~ 100 μg Proteinase K混匀,置于55 ~ 60 ℃水浴30 ~ 60 min,期间轻轻混匀几次;
2) 用5 M的NaCl溶液调节盐浓度至1.4 M,加1/10体积的10 %CTAB,置于65 ℃水浴10 min;
3) 加入等体积的酚,氯仿,异戊醇,0 ℃孵育30 min
4) 4 ℃,13000 g离心,取上清液至1.5 ml离心管中,加入等体积氯仿,异戊醇混匀,0 ℃孵育30 min以上,4 ℃,13000 g离心;
5) 取上清,加3 μl RNase A,37 ℃水浴30 min,去除RNA;
6) 加0.6体积的预冷异丙醇,-20 ℃放置15 ~ 30 min;
7)  4 ℃,13000 g离心,弃异丙醇,70%乙醇洗2次。室温干燥,50 μl ddH2O溶解。

[ Last edited by starseeker on 2012-10-22 at 16:05 ]
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starseeker

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaolichao at 2012-10-22 17:13:14
我感觉你DNA提取的还不错了,一般影响pcr扩增的是蛋白,多酚,多糖等;
还有你没有说清楚你用的什么引物,是自己设计的,还是文献上查到的?你确定你所选用的引物与目的基因匹配吗?

蛋白和多酚污染可以用氯仿:异戊醇除去对吗?那请问多糖有什么很好的办法去除呢?
8楼2012-10-22 17:32:49
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chui2004

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
starseeker: 金币+1, ★有帮助 2012-10-23 15:51:14
引物可以设计长一些,提高退火温度试一试!

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
相信自己,一定能成功!
2楼2012-10-22 16:07:58
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starseeker

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by chui2004 at 2012-10-22 16:07:58
引物可以设计长一些,提高退火温度试一试!

引物分别是20和21bp,我换过引物,应该不是这个问题
退火温度我从50~65都试过,不行......
3楼2012-10-22 16:18:58
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匿名

用户注销 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
starseeker: 金币+5, ★有帮助 2012-10-22 17:33:01
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-10-30 15:53:47
本帖仅楼主可见
4楼2012-10-22 17:13:14
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